前面已经简单介绍过GWAS的概念,GWAS分析中所用到的文件以及分析流程,我们在GWAS分析结果文件中经常会看到beta值和P值,他们分别代表什么意思?这两个值又有什么关系呢...
IntAssoplot包可以将GWAS结果和LD, 基因结构图整合在一起画出。介绍来自:https://github.com/whweve/IntAssoPlot[https...
@[toc] 0.1 introduction介绍 高通量技术导致数据维度以及样本数量呈指数增长,使得对数据集进行手动处理显得不太实际。但是由于收集数据的技术不完善或者数据本...
在初步特征筛选之后,若使用树模型,特征经过数值化处理后就可以模型进行效果评估,一般会给出一个AUC或KS的模型评估结果。这里假设我们放入的特征数量为N,我期盼的是通过丢弃某些...
一、何为GWAS? GWAS(Genome-wide Association Study)是对多个个体在全基因组范围的遗传变异(标记)多态性进行检测,获得基因型,进而将基因型...
概览 Title:From GWAS to Function: Using Functional Genomics to Identify the Mechanisms Un...
今天我们来看一个非常常见和使用的无监督机器学习算法——K-均值聚类(K-means) 首先我们先了解一下这个算法的大致背景: 首先要知道什么是聚类 聚是一个将数据集中在某些方...
首先介绍三种类型的聚类方法: 原型聚类:假设聚类结构能够通过一组原型求解。通常算法先对原型进行初始化,然后进行迭代求解。不同的原型表示、不同的迭代求解方式,将会产生不同的原型...
数量遗传学相关概念 1、论述数量性状多基因学说? 答: 1908年尼尔逊。埃尔用红粒和白粒小麦进行杂交试验,提出了多基因假说,该假说对数量遗传进行了多方的解释,在该假说中认为...
如何搜索文献 筛选文献 阅读文献和做笔记 搜索文章(以谷歌搜索为例) 谷歌搜索的优势: 可以专注学者和他的研究动态 它的搜索功能很强大 但是搜索的文章不全面 可以考虑使用Pu...
[组学分析系列的教程--Mental分析],前期还是整理一下前期的教程。前期自己分享了精美图形的绘制。但是,距离现在很久了,不知道有多少童鞋还会使用或回去复习。从今天开始,前...
全基因组关联分析(GWAS)大家都不陌生,今天我们给大家介绍下各种格式之间转化在R语言是怎么实现的。首先我们来看下GWAS都有哪些数据格式: 1. HapMap格式,这也是当...