目标 通过varscan等找到somatic mutations之后，想看多个样本的突变之间的交集。bcftools是用来处理vcf文件，可以进行各种相关的处理和分析。 软件...
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bcftools 处理vcf文件，寻找多个vcf文件中突变的交集
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染色体异常与其在有丝分裂时的位置相关在细胞核中的位置预示着染色体异常 单细胞分析表明，染色体在细胞核中的 3D 位置有助于它们参与与癌症相关的基因组重排的可能性。 正常人类细胞的每条染色体都有两份拷贝。相比之下...
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HPC上使用nextflow的建议
Nextflow是开发科学工作流程在HPC系统上使用的强大工具。它提供了一种简单的解决方案，以一种便携式的方式使用优雅的反应式/函数式编程模型来部署大规模的并行化工作负载。 ...
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nextflow-简单训练-欢迎语
欢迎 欢迎来到 Nextflow 培训工作坊 我们很高兴能够与您一起探索使用 Nextflow 编写可重复和可扩展的科学工作流程的道路。本指南是 Nextflow 完整文档的...
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infercnv需要的R包rjags的安装
error: installing source package 'rjags' ...** package 'rjags' successfully unpacked an...
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无痛从seurat迁移到monocle3（UMAP seurat cluster）
注意，这里使用的seurat对象要求已经run过runUMAMP()findCluster等函数，否则也没有必要把seurat的结果弄到monocle3的cds对象里 1. ...
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张泽民团队文献精读-21.Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing ...
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seurat对象中细胞identity的获取、设置与操纵
前两天遇到了一个小问题：初步注释细胞发现，使用RenameIdents后细胞类型的levels与我想要的排序不符。例如，我实际得到的level为: cancer_cell1 ...
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更紧凑的堆叠小提琴图seurat自己的vlnplot出的图感觉有点丑丑的，网上找到了scRNAseq || 堆叠小提琴图(StackedVlnPlot)的4种实现方式[http://events...
