工具 使用到的工具是: datasets jq datasets是NCBI官方的工具,可以直接调用NCBI的API进行信息的查询,返回的结果是json格式。现在还在活跃开发中...
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@球果假水晶蓝 并没有 但是想要往这个方向发展
机器学习/深度学习与基因组学资源搜罗作为一个genomics方向的研究者,在AI的浪潮中总是避免不了焦虑。担心被时代抛弃。 在以前,不识字的我们称之为文盲;再后来,英语不好是地球村的文盲;接着到了信息时代,不会...
作为一个十级互联网冲浪选手,当看到吴恩达老师出新课的时候就已经无脑冲了。 传送门:https://learn.deeplearning.ai/courses/ai-pytho...
作为一个genomics方向的研究者,在AI的浪潮中总是避免不了焦虑。担心被时代抛弃。 在以前,不识字的我们称之为文盲;再后来,英语不好是地球村的文盲;接着到了信息时代,不会...
省流版 前提条件: 有root权限 不涉及分区的删除增加重新分区 不需要重启或者关机 不需要到服务器面前才能操作,远程也可以完成 step 1: 运行一下df -h知道一下自...
太长不看版 只需要使用BiocManager::install()就可以把CRAN、bioconductor、GitHub来源的包都安装上了。 R包安装的天下三分 安装R包是...
背景介绍 组学数据越来越大,数据传输已经成了一个组学合作研究中的重要限制因素。百度云盘是数据存储和传输的重要工具,bypy是一个为了解决数据操作的工具。 它可以通过命令行上传...
要读的文章太多了。实在是没时间把所有的感兴趣的文章都精读一遍。那就借助GPT快速总结一下文章的内容。 文章标题:Sequence basis of transcription...
我最近在用YGAP (Yeast Genome Annotation Pipeline) 做yeast基因组的注释。 YGAP生成的注释结果默认是bed格式不是gff格式,并...
背景介绍 最近我需要通过FTP站点下载合作者提供的测序数据,因此研究了一下怎么快速地从FTP站点下载文件。 测试的工具主要是ftp和lftp 什么是FTP? FTP,全称为“...
背景介绍 这篇应该是10x genomics数据辅助基因组组装的最后一篇,tigmint也是这些软件之中效果最好的一个,属于压箱底的好工具。并且这个软件是个活着的软件,相比于...
背景介绍 目前就我所知的能用于10x scaffolding的软件主要有这几个: scaff10x fragscaff tigmint+ARCS/ARKS LINKS ARB...
背景介绍 在得到初步的组装结果之后,如果手上有10x genomics的基因组测序数据的话,除了可以用supernova基于10x数据独立组装出一个新版本的基因组外(详见我的...
背景介绍 mecat2可以说是比较早的一批可以用于三代测序平台的基因组组装软件了,2017年刚上硕士的时候就有接触到过。当然还有WTDBG2也是差不多同时期的软件。 软件安装...
背景介绍 verkko是一个最新的可以应用于二倍体基因组T2T(telomere-to-telomere)级别的基因组组装的组装软件。 2022年9月14号李恒在主题为Pac...
10x genomics除了有非常出名的单细胞转录组的业务线以外还有基于10x的基因组的业务。接下来就带大家走一走10x基因组数据的组装流程。 软件下载 组装的软件叫做sup...
背景介绍 NextDenovo是武汉未来组(现在可能得叫希望组了)开发的用于三代基因组组装的软件。想当年读硕士的时候我还因为项目合作的事儿在未来组呆了好几个月来着。 可用资源...
hifiasm大概是目前为止支持PacBio HiFi数据组装的所有软件中表现最优异的软件了。它不但能输出primary assembly result,还能分别组装出单倍体...