1.MCscanMCscan绘制共线图MCscan需要准备cds.fasta和.gff注释文件cds.fasta文件可以从基因组序列中提取 配置layout文件 y：调整染色...
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几种绘制基因组共线图的方法
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jcvi报错解决
1、报错信息：AttributeError: 'LayoutLine' object has no attribute 'color' 解决方案：在color一列输入指定颜色...
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python版的MCScan绘图最近发现了python版的MCScan，是个大宝藏。由于走了不少弯路，终于画出美图，赶紧记录下来。github地址 https://github.com/tanghaibao...
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bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程call SNP GATK bwa+samtools 参考文档 一、原始数据处理 测序得到的RAW DATA，使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/Il...
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用TBtools，快速高效实现基因组共线性分析与可视化， 赞！写在前面 对于没有做过共线性分析的小伙伴，可以通过以下几段内容，了解一下，我为什么要费劲巴拉画出这样一张图。 除了基因组成的相似性,在不同基因组中基因排列顺序的一致性更能够体...
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基因家族分析 | 预测基因家族收缩与扩张（orthofinder，cafe）
以下参照 hoptop的「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析这篇帖子试跑了一遍 1.软件安装 2.数据准备 下载「基因组学」使用OrthoFinder进...
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TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析2基因-共线性的定义与常见算法原理 物种内的共线性分析文件准备（物种比对到自身的.blast文件，物种基因信息文件.gff文件），运行MCScanX，输出collinear和t...
