郭师傅

建立查询 project:肿瘤种类。可用TCGAbiolinks:::getGDCprojects()$project_id 查询可填的值data.category，用TCG...

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箱线图 boxplot，一行两列图 相关分析图

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1、建模 2、画图 3、保存

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1、log2转换判断执行 2、差异分析结果标记（1） 3、差异分析结果标记（2） 4.表达矩阵PCA绘图 5.基因注释 6.limma包差异基因分析 7、RNAseq数据转换

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基本思想：1、有些ensembl id里包含"."，按目前说法需要去掉2、用clusterprofiler包进行ID转换，然后向表达矩阵进行注释，定义成函数，以后更省事。

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1.读入保存的表达矩阵数据 2.获取GPL文件并注释 3.数据检验和质控 4.聚类图和PCA图 5.差异分析 6.基因筛选 7.绘制火山图 8.绘制热图

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1、starBase 一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包...

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设置好gse_id和工作目录，基本全自动

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设置好gse_id和工作目录

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芯片数据质控 1.前后对比箱线图 2.提琴图 3.密度图 4.聚类图1 5.PCA图1 6.处理批次效应 7.再次查看聚类图 8.再次作图PCA 9.后续处理 质控处理完毕，...