2021-03-31 亲们,简书很少更新啦! 有和简书内容相关的问题的话可以发邮箱: haifengsun123@163.com
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@APengs 这个建议自个写个脚本
seqkit的安装与使用安装: conda install seqkit ref:seqkit一个FASTA/Q序列处理神器 - 遗世独立的愚公 - 博客园 一、序列操作: 1.取反向序列 seqk...
@徐沫沫 用gtf,找UCSC的有俩个工具可以gtf转pred再转bed
Dapars寻找APA1.下载ref:https://github.com/ZhengXia/dapars/releases 2.github主页:https://github.com/Zheng...
@看_菜鸟在天上飞 这个软件的确是比较旧,得折腾下
Dapars寻找APA1.下载ref:https://github.com/ZhengXia/dapars/releases 2.github主页:https://github.com/Zheng...
@hopi_5dab 咋会呢,报错的话就按照报错的调整下
m6A-seq_analysis_workflowgithub:https://github.com/scottzijiezhang/m6A-seq_analysis_workflow 网页:https://scottzij...
count normalization的方法 这应该会是一个小系列,我会简单介绍下现在的一些count normaliztion的方法,以及对应的代码解释、思考,从而最后得出...
表达矩阵标准化是差异分析的第一步,关于为什么需要标准化及常用的标准化的方法有哪些的一篇笔记。 参考文章 为什么需要标准化? 转录组测序采取的打断基因序列获得基因测序的片段,再...
由于Addgene的篇幅太长,因此决定分为至少两个部分来介绍。上期:来自Addgene的CRISPR指南(1)参考:CRISPR Guide 由于这个部分已经不是简单的看CR...
作者:马可菠萝审稿:童蒙编辑:angelica 引言 随着Hi-C技术的建立和发展,越来越多的技术可以用于DNA-DNA相互作用的研究,类似的RNA-RNA相互作用检测技术业...
作者:Arno审稿:童蒙编辑:angelica 全长转录组测序(Isoform-sequencing,Iso-seq)基于PacBio单分子实时测序技术(SMRT cell)...
参考文章:1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包(二)2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化芯片数据质控和过滤4.甲基化芯片数据的差异分析5.甲基化芯片...
今天用liftover做基因组转换的时候,hg38转hg19,所有的位点都转失败了。看到提示为“#Deleted in new”。一般这个错误为是由于hg19 (要转换的基因...
@亲爱的暮雨晨风 什么意思?有问题改下或者去掉呗
m6A-seq_analysis_workflowgithub:https://github.com/scottzijiezhang/m6A-seq_analysis_workflow 网页:https://scottzij...
单细胞转录多样性是发育潜能的一个标志 本篇文章首发于单细胞天地 单细胞RNA测序(scRNA-seq)是重建细胞分化轨迹的有力方法。然而,同时推断分化的状态与方向是一项具有挑...
转录调控:转录因子特征总结 典型的转录因子功能示意图(Schematic of a prototypical TF). 转录因子一般具有两种结构域: 1. DNA-bindi...
前天同事帮领导写基金,看文献找思路,突然问我能不能帮她分析一下数据,我看了一下数据是FPKM的文件。第一反应是可以。我就试试了一下。 1.数据下载 2、差异基因分析 3.如何...