Centos7.5yum安装的默认gcc版本为4.8.5,如果需要使用gcc的最新特性,则需要源码安装gcc最新版。编译过程中解决不少报错,最终有了本文的实测成功记录。 yu...
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NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechno...
bwa主要用于将低差异度的短序列(一般是同物种)与参考基因组进行比对。主要包含三种比对算法:backtrack、SW和MEM,第一种只支持短序列比对(<100bp),后两种支...
Charpter_13 Short Read Aligners 背景 定义:Short read Aligners are commonly used software to...
Introduction Resequencing 重测序 [NIBI] Resequencinghttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/probe/doc...
简介 SHOREmap可以用来分析传统作图群体(自然系natural strains和分化系,diverged accession杂交,或outcrossing)或近等作图群...
我们这里将用于流程构建的BWA就是其中最优秀的一个,它将BW(Burrows-Wheeler)压缩算法和后缀树相结合,能够让我们以较小的时间和空间代价,获得准确的序列比对结果...
BWA[http://bio-bwa.sourceforge.net/] (Burrows-Wheeler Aligner) BWA主要是将reads比对到大型基因组上,主要...
在上一篇文章《使用MutMap快速定位突变基因:原理篇》中,我对MutMap的原理进行的简单的介绍。在本篇教程中,我会对MutMap分析的流程及分析过程中使用到的软件及其参数...
call SNP GATK bwa+samtools 参考文档 一、原始数据处理 测序得到的RAW DATA,使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/Il...