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R数据可视化4: PCA和PCoA图其实不论是PCoA还是PCA图均是用散点图来展示结果PCoA和PCA的结果，PCoA和PCA准确来讲是数据降维分析方法。顺便值此佳节，祝福各位和“科研”都能够拥有幸福时光和美...
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微生物组16S rRNA数据分析小结: qiime2-2019.1本次笔记内容：qiime2-2019.1的16s分析流程，以没有barcode，以demultiplexed的fastq文件为input.同微生物组16S rRNA数据分析小...
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Qiime2小bug
这些小bug折磨了我两天时间才解决，决定以后跑流程要洗心革面，从原始数据就得仔仔细细欣赏，每一个参数尽量搞懂，能用google搜错的一定不用百度。每逢demux summar...
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DU7：如何对小RNA测序数据进行长度分布统计小RNA测序数据长度分布规律：1、24nt>21nt>22nt>23nt2、>60%数据在20-24nt之间 一、数据为fasta格式，首先写一个脚本统计各种长度的sRNA的...
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16S从实验到数据分析最全流程文中会对遇到的问题进行解答，图表部分也做了比较详细的说明，对初学者比较友好，当然知道实验部分会让你对数据如何得来的有一个整体的把握，知其然而知其所以然，分析和解释数据起来会更...
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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代谢组学如何结合16S 测序与宏基因组测序首先，目前肠道微生物联系最紧密的三种代谢产物是氨基酸、短链脂肪酸或胆汁酸，以这三种代谢产物做靶向检测与微生物组学做关联分析也占绝大多数。否则，便需利用代谢组广筛方法，得到差异...
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BioCyc数据库简介一、介绍 1.BioCyc BioCyc是代谢途径的数据库集合，集合中的每个数据库描述了单个生物体的基因组和代谢途径（MetaCyc是来自代谢途径的参考来源），包括反应、酶、...
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