1 背景 写论文投稿的时候，对于引用文献，期刊间要求不同。一些比较著名的期刊的引用格式在Endnote里可能已经存在样式模板，可以直接使用。那么不存在模板的就需要我们自己来自...
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自定义Endnote参考文献引用格式 -
R数据可视化5:热图Heatmap最近休息了几天。没有来得及更新。今天我们来讲一讲热图怎么绘制 什么是热图(Heatmap) 热图是一个以颜色变化来显示数据的矩阵。Toussaint Loua在1873年就曾...
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ROH、近交系数、亲缘系数、IBD、IBS连续纯合片段（runs of homozygosity, ROH）是亲代将同源相同的单倍型传递给子代而形成的，基于ROH计算的基因组近交系数是个体真实的近交系数，它比传统系谱...
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群体遗传学统计指标——种群核苷酸多样性理论 种群核苷酸多样性，顾名思义指的就是核苷酸多样性，值越大说明核苷酸多样性越高。通常用于衡量群体内的核苷酸多样性，也可以用来推演进化关系。计算公式为： 计算群体的π值，可以...
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fastQC对RNA-seq质控
FastQC - A high throughput sequence QC analysis tool fastqc安装 1. 下载fastqc安装包（http://www...
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fasta/fq文件处理万能工具——Seqkit学习记录
shenwei爪哥开发的处理Fasta/Fastq文件的万能工具。之前处理fq/fa文件时花时间写的一些脚本发现在seqkit里直接能一行命令就解决。实在是提升效率，整合流程...
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[基因组工具]seqkit的使用
SeqKit的学习 --20191017 软件的介绍 SeqKit是一种跨平台的、极快的，全面的fasta/q处理工具。SeqKit为所有的主流操作系统提供了一种可执行的双元...
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windows用popart老是出现闪退，请问如何解决呢？
单体型网络的构建——Haplotype Network
基本概念 单体型：又称单倍体型或单元型，是个体组织中，完全遗传自父母双方中某一亲本的一组等位基因。拥有特定SNP的个体常常在附近某一特定变异位点拥有特定等位基因，这种关系叫做...
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单体型网络的构建——Haplotype Network基本概念 单体型：又称单倍体型或单元型，是个体组织中，完全遗传自父母双方中某一亲本的一组等位基因。拥有特定SNP的个体常常在附近某一特定变异位点拥有特定等位基因，这种关系叫做...
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什么是共线性(synteny)或同线性(colinearity)？你需要知道：基因组( Genome)：指生物体所有遗传物质的总和。这些遗传物质包括DNA或RNA（病毒RNA）。基因组包括编码DNA和非编码DNA、线粒体DNA和叶绿体DNA...
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聊聊“基因组共线性”最近看了几篇关于共线性分析的微信/简书推送，发现不少研究人员把“编码基因共线性”错误地描述为“全基因组共线性”。这是两个完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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线粒体组装软件MitoZ安装及运行线粒体组装软件MitoZ安装报错：sqlite3.IntegrityError: UNIQUE constraint failed: synonym.spname, syno...
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SnpEff使用方法
SnpEff使用方法 SnpEff 软件通过基因组结构注释数据（GTF文件），对VCF文件中的SNP/InDel信息进行注释，即主要解释了SNP/InDel是否能够对编码蛋白...
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bwa参数说明和Q&A
本文全文摘抄于简书：序列比对BWA(Burrows-Wheeler Aligner) 仅用于方便个人学习，如有侵权，请提醒删除，谢谢 参考资料：bwa手册参考资料：bwaFA...
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【比对软件】BWA使用
BWA简介 BWA（Burrow-Wheeler Aligner），是一款将DNA序列mapping到参考基因组上的软件。有三个比对算法：BWA-backtrack，BWA-...
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GATK：HaplotypeCaller变异检测本文是阅读一个做算法的文章，有些收获和想法，作为一种记录我们在使用gatk call snp的时候，常常使用HaplotypeCaller这个参数，这个参数的目的是检测出用来...
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GATK入门的最佳姿势
GATK，全称是Genome Anlysis Toolkit，顾名思义，是一套用于分析基因组的工具箱。主要功能是寻找变异位点和基因分型，但是实际上功能超多，导致初学者都不知道...
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FastQC数据质控报告的详细解读
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 测序平台编号，现在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33编码 Total sequ...