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数据质控之Trimmomatic数据过滤
准备工作：配置java环境或者在conda里下载软件Trimmomatic 我在VM里java环境的配置：安装JDK 创建并进入文件夹 : mkdir java && cd ...
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无参转录组的组装注释部分（1）大致的流程如下：BBtools --》 Trinity(v2.8.5) --》 Transdecoder --》Trinotate (3.2.1) 1. 合并左右read...
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无参转录组分析-Trinotate 软件安装和数据库部署
参考文档：http://trinotate.github.io/ 测试发现，使用 bioconda 安装 Trinotate 软件包会改变目录结构，所以选择手动安装。 安装依...
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转录组分析实战第七节：采用Trinotate对拼接结果进行注释
既然可以通过Trinity对所有的Reads进行拼接后得到很多的转录本（Transcripts) , 因此很有必要对这些转录本进行注释。 注释的工具有很多，我们可以通过Tri...
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RNA-seq 分析流程 —— 概述前言 接下来我们要介绍的是 RNA-seq 数据的处理分析流程，根据 RNA-seq 测序技术的不同，可以分为三种： short-read long-read direct ...
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使用DNAMAN软件进行序列比对及导出DNA[https://www.biomart.cn/supply/1008010306.htm]MAN 是美国 Lynnon Biosoft 公司开发的高度集成化的分子生物...
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西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题，有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
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基因家族专题(3)：基因家族成员的鉴定
Data preparation 继续上次的内容，下载好数据后就可以正式开始鉴定了。首先回顾一下，下载好的数据。 基因组序列信息，存储基因组序列信息的.fasta文件。还有其...
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巨坑！基因家族鉴定/分析，基因功能研究，一步之差，努力白费！写在前面 不知为何，几乎每天我都会收到一些「基因家族分析」的论文审稿邀请，其中质量参差不齐，但有不少论文作者团队非常友好，总是留下一个非常好提问机会。那就是「基因家族成员序列...
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对trinity组装得到的转录本进行表达矩阵构建前提已经获得了trinity生成的.fasta文件(trinity_out_dir_all.Trinity.fasta) 在此，我们采用的是Trinity自带的脚本进行定量计...
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无参转录组序列组装 — Trinity转录组分析策略 转录组分析策略根据有无参考转录组可以分为两类： 有参比对—定量—差异分析—功能富集分析等 无参组装—定量—差异分析—功能富集分析等image 无参考转录组序列...
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使用trim_galore对数据进行质量控制-过滤写在前面参考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]参考2[https://www.jianshu.com...
