一、暴露因素的数据要求： 1.对于暴露因素的GWAS数据，TwoSampleMR需要一个工具变量数据构成的data frame，每行对应一个SNP，至少需要4列，分别为： S...
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📘孟德尔随机化之Exposure data
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多组学水平的孟德尔随机化分析+three-step SMR 应用实操
多组学分析：在基因表达、表观遗传、蛋白、单细胞及微生物组学等水平上，利用组学数据比较不同组学水平的疾病和健康对照，从而鉴定潜在的致病机制。 药物靶点孟德尔随机化分析：探究是其...
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使用CRISPR/Cas9进行基因敲除实验详细步骤解读protocol
本文是方便查看，系统整理了冻春卷同学的教程。放到一起方便学习。原文分散在链接：https://www.jianshu.com/p/a215be12e3f6[https://w...
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CRISPR-Cas9基因编辑4--确定Cas9质粒构建成功+漂亮的质粒转染简介和前期文章 我对之前的所有教程进行了再次详细的总结CRISPR-Cas9基因编辑之背景介绍及gRNA设计（上）[https://www.jianshu.com/p/e5c...
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Fastq-dump: 一个神奇的软件现在可以用fasterq-dump, 速度更快，请阅读都8102年了，还用fastq-dump，快换fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤...
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Aspera——碾压prefetch命令的存在, 利用SRR号批量高效下载FASTQ或SRA数据本节简单介绍Aspera安装和使用，并给出利用SRR号批量下载FASTQ或SRA数据的方法，通过比较发现aspera的下载速度与prefetch相比有了质的飞跃 前言：我们下...
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单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：PAGA轨迹推断单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：预处理与聚类 说起轨迹推断，很多人的第一印象就是monocle的轨迹图，大概率是长这样子的： 如果说单细胞转录组数据分析中的分群是...
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如何不使用 plot_pseudotime_heatmap画出热图？首先要明白 plot_pseudotime_heatmap的原理，先调出它的源代码 根据上述代码，总结起来就是，plot_pseudotime_heatmap=matrix+...
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R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。 受 pheatmap 包的启发，ComplexHeatmap 提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热...
