TCGA数据下载方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtools 需要下载的数据组学信息（样本）：（存储单个病人表达数据，需整理为表达矩阵） + （存储样本文件的...
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TCGA数据下载和整理的三种方法 -
snakemake 应用介绍
接触到一个生信分析项目，作者基于snakemake 串起了17个用python 脚本编写的分析流程。自己在搭建的Linux 环境下，测试了这些脚本。此文简要介绍snakema...
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HUMAnN2 宏基因组分析 | 小白版导读 使用 HUMAnN2（The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2）进行宏基因组学分析。 HUMAnN2 在宏基因组研究中非...
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扩增子和宏基因组分析实用指南 | 微生物组研究
高通量测序技术和分析方法的发展为微生物组研究提供了新见解。然而，这些新的发展让研究人员（特别是没有生物信息背景的研究人员）在选择合适的分析软件/脚本上面临挑战。 来自中国科学...
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宏基因组数据分析流程代码熊金波实验室出品 整理归纳：Larry 本次学习使用的服务器IP地址和其用户名账户密码如下： 地址：gs0.genek.tv 用户名：u3276 密码：genek.tv（建议...
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【单细胞入门必读】单细胞RNA-seq技术和数据分析简介
Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis 单细胞RNA测序(scRNA...
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R语言 矩阵批量替换杀杀 最近学了几个矩阵批量替换的阳间方法，拒绝for循环！ 应用：数据格式的标准化 我们在处理临床随访文件时，医生们通常会这样记录： 但是我们如果要进行生存分析或者风险分析或...
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count/tpm/fpkm之间的转化
总结好的转化编码拿去使用[https://haroldpimentel.wordpress.com/2014/05/08/what-the-fpkm-a-review-rna...
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免疫组库数据分析1-scRepertoire免疫组库基础知识见：单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法[https://www.jianshu.com/p/c4896ffadc46] scReperto...
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单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法单细胞测序方法和原理系列： 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics[https://www.jianshu.com/p/6c5d...
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Q：ArrayExpress包常用函数及分析？GEO数据库对应的R包是GEOquery，强大的ArrayExpress数据库也有对应的R包——ArrayExpress。可以通过其访问ArrayExpress数据库，并构建...
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ggplot2可视化经典案例(4) 之云雨图之前分享过云雨图的小例子，现在分析一个进阶版的云雨图，喜欢的小伙伴可以关注个人公众号R语言数据分析指南持续分享更多优质案例，在此先行拜谢了！！ 加载R包 设置主题 加载数据 ...
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基因家族分析(1) 基因家族成员的鉴定
最近有小伙伴问为怎么多快好省的发个论文顺利毕业，作为生物圈里的当事人当然推荐基因家族分析了，于是乎准备整理这一系列文档。在本文档中我主要侧重于后续的数据可视化，因为物种不同数...
