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发简信
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deseq2筛选结果-20190804
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GSEA
参考文章：GSEA的分析汇总 - 简书；https://blog.csdn.net/qazplm12_3/article/details/78561937；GSEA-基因集富...
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WGCNA
WGCNA（加权基因共表达网络分析） - 简书 WGCNA分析，简单全面的最新教程 - 简书 http://pages.stat.wisc.edu/~yandell/stat...
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生成htseq-count的input文件
参考文章：RNA-seq(6): reads计数，合并矩阵并进行注释 - 简书；RNA-seq分析htseq-count的使用 - 望着小月亮 - 博客园 htseq-cou...
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分子模拟和基因组学大杂烩，我们是生物信息爱好者，开源，共享尽在生信杂谈~ 请关注微信公众号生信杂谈（xiaoddrz）获取更多原创精彩内容！<br>若您只是做基因的可以通过右侧文集筛选文章
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使用 R 语言 DESeq2 对 RNA-seq 数据的下游分析
参考文章：使用 R 语言 DESeq2 对 RNA-seq 数据的下游分析 — 小小羊 最后作heatmap图时报错： 解决方法： 报错时，红框中为1，2，3......数字...
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安装GSEA
参考文章Window安装基因集富集分析软件GSEA | Public Library of Bioinformatics 上面的文章很详细，但是在最后启动的时候会出现被Jav...
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将stringtie的输出结果转换为Deseq2的input参考实现Stingtie与DEseq2的无缝连接 - 简书 StringTie 10samples-List.txt： 生成以下文件： 16samples-List.tx...
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rnaseq-R
library(ballgown) library(RSkittleBrewer) library(genefilter) library(dplyr) library(de...
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第七步-ballgown的相关参数
转自转录组差异表达分析工具Ballgown | Biochen生物 Ballgown的输入文件 StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件，Cuffli...
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第六步-stringtie-to-ballgowm的input文件
第五步为optional 5| Examine how the transcripts compare with the reference annotation (opti...
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第四步-stringtie-merge-得到一个merged.gtf文件
第四步：Merge transcripts from all samples: warning: 此处的mergelist.txt是自己创建的，需要包含之前output.gt...
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第三步-StringTie-assemble-得到.gtf文件
Assemble and quantify expressed genes and transcripts 第三步：Assemble transcripts for each...
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RNAseq分析流程-hisat2-samtools-stringtie参考文章Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie a...
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2019-07-10-conda安装cufflinks时出现UnsatisfiableError问题并没有解决。。。。 参考文章Mac anaconda下安装库出现UnsatisfiableError问题的解决办法 - u010795408的博客 - CSDN博客
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第一步-hisat2-得到.sam文件hisat2 -t --dta -x grch38/genome -1 CRC/10samples/105TRA/105TRA_1.fq.gz -2 CRC/10sample...
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HTseq-2019-07-09参考htseq-count的用法-Bluesky's blog 在进行htseq前，要先将.bam文件用samtools sort一下： sorted.bam文件进行hts...
