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day25 ChIP-seq IGV可视化一、用deeptools从bam转换为bw（接续day23） 1. 安装 pip install deeptools曾用pip这个命令安装过cupadapt，multiqc。...
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5、RNAseq(5)--reads count(htseq-count)与基因注释（bioMart）理论基础 在上篇的比对中，我们需要纠结是否真的需要比对，如果你只需要知道已知基因的表达情况，那么可以选择alignment-free工具（例如salmon, sailfish...
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转录组数据分析——原始数据质量控制（QC）获得转录组数据（.fastq文件）后的第一步就是对原始数据的质量控制。 目的 质量控制的目的是全面查看原始数据的质量，内容包括碱基质量评估、GC含量检验、N碱基数量评估、TC...
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Linux安装R语言在学校小服务器中试着装了下miniconda，和R，Rstudio，怕以后忘了，过程写在这里 查看环境 conda info --envs 创建新的环境R3.6 conda ...
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看完这篇Linux基本的操作就会了
前言 只有光头才能变强 这个学期开了Linux的课程了，授课的老师也是比较负责任的一位。总的来说也算是比较系统地学习了一下Linux了~~~ 本文章主要是总结Linux的基础...
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Ubuntu 环境下的 HMMER软件安装与基因家族成员挖掘
HMMER软件在基因家族成员挖掘分析过程中具有重要作用。 本文将从HMMER软件的下载与安装、并结合一个实际例子对该软件的运用进行一个简单的介绍。 本文所用的电脑环境为Ubu...
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基因家族鉴定 hmmer+blast (含hmmer安装)策略 hmmsearch + blast 单独使用或者组合使用 hmmsearch可以做两次，第一次使用pfam中的多序列比对结果构建模型进行搜索，筛选过结构域后，使用本物种...
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R实用基础2——常用数据处理命令
总结了一些平时常用的数据处理命令 生信入门 linux实用基础1 2 3 Linux实用基础1[https://www.jianshu.com/p/84f0119f68e5]...
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RNA-seq入门实战（十）：PPI蛋白互作网络构建（下）——Cytoscape软件的使用本节概览：1. Cytoscape 软件基本介绍2. 数据导入：蛋白互作节点信息导入、其他注释信息的导入3. PPI网络图绘制：➀选取部分节点展示 ➁Analyse Netw...
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转录组DEGs聚类热图和功能富集分析写在前面：经常做转录组分析，就是把差异基因搞个火山图和Venn图看各组差异基因的共有和特有情况。看见有个比较好的选择，能直观比较各种处理带来的影响，如下： 来自Nature ...
