生信还在入门的小李

蛋白质组知识背景 蛋白质组(proteome)：由一个细胞、一个组织或一个机体的基因组所表达的全部相应的蛋白质，是一个整体的概念。 蛋白质组学(proteomics)：以蛋白...

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转录组测序的最直接目的，就是设法寻找组间显著表达变化的基因，解释基因表达水平的变化对生物功能的影响。例如，肿瘤患者与正常人群相比哪些编码蛋白或非编码RNA分子发生了失调，这些...

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导读 利用富集分析，我们可以把很多看着杂乱的差异基因总结出一个比较整体反应事件发生的概述性的句子。 例如：TP53信号通路和胃癌的发生有关。而不是说BAX、BID、ABL1、...

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“ 在大家阅读文献的过程中，有时候会碰到下图所示的这种带有显著性标记的柱状图或者箱线图，这种图是怎么做出来的呢？今天，小编就使用R语言教大家如何绘制这样一张带有显著性标记的箱...

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我们知道小鼠是一个研究很多的模式生物，有很多生物学研究，以及一些临床研究都是在小鼠上做的。那么小鼠里面研究的这个基因在人里面有没有，对应的具体又是一个什么基因，这是我们经常需...

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———— 奋斗没有终点，任何时候都是起点（来源于网络） 物种间共线性文件，只需要用TBtools就可以完美解决 1.下载好物种的基因组文件与gff注释文件 打开One Ste...

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一、 首先放一段illumina测序平台的官方原理链接： https://www.bilibili.com/video/BV1Cx411p7dm[https://www.bi...

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预测motif的计算原理（extend motif） - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/e7983c461635] M...

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PMID: 34000456DOI: 10.1016/j.jprot.2021.104266 摘要 化疗耐药是导致乳腺癌（BC）复发和癌症相关死亡率高的主要因素。聚糖的异常水...

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许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只...

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====环境和测试数据准备===== 需要先安装OrthoFinder，这个参考前面一个帖子。然后今天我们主要来测试CAFE。 安装也比较简单： 下载安装包之后 https:...

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ggplot2 更改图例的顺序 箱线图添加误差线这个自己老是记不住，每次作图都得现查，今天的推文记录一下实现代码，方便自己以后查看。 首先是示例数据集 示例数据集还是使用鸢尾...

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分面顺序问题的解决有张图 默认分面的顺序是按照字母的顺序进行的，从A到Z，但是有时候我们不想这样，如图要是我们想 fullprofessor 在前，这个时候就有问题了，难为了...

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首先，一般我们分析水稻的数据时候，选用的是MSU和RAPDB这两个数据库的genome和gtf文件，这里只介绍MSU的ID，RAPDB的同理。 水稻GO分析的网站很多（这里不...

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1991 年日本将水稻基因组制图列入研究规划。继“人类基因组计划”、“拟南芥基因组计划”提出之后，我国于 1990年开始研讨水稻基因组测序，并于 1992 年正式宣布开展水稻...

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MapMan是老牌的植物基因功能分析工具，早期是针对基因芯片数据设计，现在可以用于各种模式植物或非模式植物基因集的功能分析，并且该软件一直保持着更新。 完成MapMan分析，...

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Plantseq 首页界面image.png看看更新频率，你没看错，前几天才更新。。image.png随便拿一个基因输入看看（注意这里只支持RAPDB-ID）:Os11g05...