中科院硕博生一枚，用简书来记录自己精读paper和学习生信的过程。
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【基因组学】从基因组中提取基因序列，一段序列及相应的注释文件
写在前面要让从基因组中获取信息变得像喝水那样简单。 --by zhougengxu 预先准备 我以水稻基因组为例，像大家介绍如何提取序列。 基因组文件：水稻基因组，水稻...
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Ribo-seq分析必看文献 | 知识（二）：19年植物综述之Polysome Profiling、RNC-Seq、Ribo-Seq、Ribo-Seq的比较Translatomics: The Global View of Translation 摘要： 在生命的各个领域中，蛋白质都是由核糖体在翻译过程中合成的。翻译调节的幅度超...
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零基础使用TBtools -go kegg 功能富集分析方法总结超详细-2023零基础使用TBtools -go kegg 功能富集分析方法总结超详细-2023 1. 使用eggNOG-mapper 网站 ，对物种所有的蛋白进行go kegg功能的注释 ...
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交集？靠谱？ | TBtools Venn 图上自动显示交集显著性写在前面 Venn 图功能是 TBtools 中较早的功能，支持 2~6 组的 Venn，具体可以参考推文《WonderfulVenn - 操作简便到极致的可交互的韦恩图工具...
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bedGraph，bed以及bam文件格式转换
感兴趣的基因信息包含在bedGraph文件中，下面命令是对其文件格式进行转换，一般进行到bam文件可视化的效果比较好。 1. bedGraph转bed文件 BedGraph ...
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基因家族数据库网站更新：pfam to InterPro在基因家族分析中，通过pfam数据库检索获得已知基因家族的hmm模型(隐马模型)是必不可少的一步，最近发现pfam数据库有变动，和大家分享一下。 1. pfam数据库 pfa...
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R语言rownames函数报错：生信差异分析DEG时报错本文较长，将遇到问题过程写了进来，请耐心观看。此类问题百度了很久，暂无详细教程，因此做了一回吃螃蟹的人。 【一】 以下报错你肯定很纠结吧：【01】rownames(desig...
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RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗本节概览：1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用...
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RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗
本节概览：1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用...
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RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建前言：进行RNA-seq入门实战首先需要有一定的linux与R基础，推荐跟着B站生信技能树-jimmy老师学习打牢基础：【生信技能树】生信人应该这样学linux(更新至第14...
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亚细胞定位预测的方法——Cell-PLoc 2.0亚细胞定位预测的方法——Cell-PLoc 2.0 这是一款快速预测蛋白质的亚细胞定位预测方法的网站,网站的预测方法发表在Nature protocols 上，网站地址：ht...
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TAIR拟南芥数据库使用指南
1、TAIR，The Arabidopsis Information Resource, TAIR 图片来源：https://baike.baidu.com/item/TAI...
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为了避免社交焦虑，不社交就是最好的解决办法吗？一到人多的地方，就会脸红心跳、腿发抖 在聚会中，只找自己熟悉的人聊天 不敢正视对方的视线 能用微信解决的事情，绝不打电话 聚会回来，总是有一种挫败感 社交生活对于他们来说就是...
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