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单细胞笔记11-scATAC-seq上游数据处理一直以来都不是太清楚scATAC-seq中fragments文件、peak calling，以及counts矩阵的关系，本文就来梳理一下scATAC-seq的上游数据处理中的...
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生信 | scATAC-Seq数据获取（超快sra转fq）部分代码参考自10x genomics官网[what-is-cell-ranger-atac]，但绝大多数代码融入了我自己的思考 1、上游分析（软件安装 + 数据获取 + c...
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生信笔记5-GWAS与eQTL引言 GWAS与eQTL都是用于研究基因位点与表型之间关系的手段，彼此之间存在很多的区别与联系。 GWAS 全基因组关联分析（Genome Wide Association ...
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【R画图学习17.1】拼图软件1---patchwork其实前面在学习的时候也陆陆续续的用过一些拼图的包，像par，cowplot，patchwork等。但是，感受下来好像最好用的还是patchwork，所以今天详细的学习一下。因...
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单细胞笔记19-scATAC-seq的细胞注释工具AtacAnnoR单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）能够测量单细胞水平的染色质开放信息，是用于研究基因调控和细胞异质性的重要方法之一。细胞注释是scATAC-seq数据分析中最重要...
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Seurat Weekly NO.17 || 一个R包的CNS之路seurat发展历史，cns之路 在单细胞数据分析中，特别是对初学者来说，Seurat是一个教科书级别的工具。至于这个用来分析单细胞多组学的工具为什么叫这个名字，我想，与它问...
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基础知识——连锁不平衡 Linkage disequilibrium (LD)一、概念 连锁不平衡是指,在某一群体中，分属两个或两个以上基因座的等位基因同时出现在一条染色体上的几率，高于随机出现的频率。连锁不平衡是等位基因或者遗传标记在一个种群中表现出...
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RNA-seq入门实战（五）：差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较本节概览：1.DESeq2、 edgeR、limma的使用2.三类差异分析软件的结果比较——相关性、韦恩图3.选取差异基因绘制火山图和热图 承接前期文章：RNA-seq入门实...
