1 介绍 · 基因家族(Gene family),是来源于同一个祖先,由一个基因通过基因复制或者加 倍而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因,它们在结构和功能上具有明显的相似...
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
方法一:基于hmm模型的鉴定方法 1.准备数据①下载拟南芥基因组fasta文件、注释文件gtf/gff3文件:ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
基因-共线性的定义与常见算法原理 物种内的共线性分析文件准备(物种比对到自身的.blast文件,物种基因信息文件.gff文件),运行MCScanX,输出collinear和t...
确定的研究基因家族 在做基因家族的研究直接,首先你要确定你需要研究的对象(基因家族是什么?) 一般来说选择基因家族的选择方式可以分为以下几种: 与课题相关的基因家族例如假如你...
关于基因家族鉴定及表达分析步骤,包括数据的获取,软件的使用,步骤流程。需要批量的重复步骤可使用脚本来完成。 1.1 此页面下载 hmm文件 1.2 blastp 比对鉴定...
写在前面:非常感谢CJ开发出如此强大的TBtools工具。作者(CJchen-0410)在B站上有新手教程,大家可以给大神点个关注。 本文以《Genome-wide iden...
本次笔记分享主要参照 Y大宽和生信札记 的推文以及自己实际用过过程中的一些心得编写! 一、大致思路 也可以参见:基因家族分析[https://www.jianshu.com/...
包括基因成员的序列特征分析(分子量等电点等)基于motif分析成员序列保守特征与可视化(蛋白与核酸,可用于挖掘未知,尤其是核酸水平-非编码水平的保守)基于domain分析成员...
写在前面:非常感谢CJ开发出如此强大的TBtools工具,作者详细讲解了基因家族的分析过程和意义,课程购买地址,讲的很棒,可以试听。 一共分为4个部分TBtools基因家族分...