五.种群历史与基因交流 书接上回https://www.jianshu.com/p/0147afc3334c[https://www.jianshu.com/p/0147af...
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二代群体遗传与重测序（下） -
GATK4 多个样本GenotypeGVCFs前用 CombineGVCFs还是GenomicsDBImport
我们知道，GATK 4 多个样本joint genotyping用模块GenotypeGVCFs, 目前GenotypeGVCFs只支持以下三种形式的输入文件：1）a sin...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记，本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）。以下所有分析过程...
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PCA计算原理（超简单，R代码）今天介绍如下三点内容: PCA是如何计算的 如何计算每个PC所能解释的方差 特征值与PC解释方差比例的关系 1. 使用R语言自带函数prcomp计算PCA 并计算每个PC所能...
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全基因组重测序基础及高级分析知识汇总
转自：http://www.360doc.com/content/18/0208/11/19913717_728563847.shtml 全基因组重测序是通过对已有参考序列（...
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【群体遗传】选择信号分析-Fst、Pi1.选择信号分析—Fst选择信号分析 概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多样性的比较。 用于衡量种群...
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Fst、PI、TajimaD值的计算Fst值的计算 群体间分化指数fst,取值范围0~1，值越大表明群体间分化程度越高，亲缘关系越远。 这个窗口大小和步长不影响结果 曼哈顿图 首先上传数据，每列数据类型都为数值...
