今天给大家介绍一款R包：TCGAExpression, 可以检索基因在33种肿瘤组织 vs 正常组织中表达。顾名思义，这个包功能实现是基于TCGA数据库。 包的安装与加载 通...
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基因在肿瘤与正常组织中的表达（TCGA） -
lncRNA研究思路
大家好，首先说明下昨天文章第二段有个错误，应该是“缺氧诱导”，而不是“缺氧敏感”。谢谢小伙伴指出。今天我们要分享的文章是： Zhang A, Zhao JC, Kim J, ...
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TCGA数据挖掘三：针对不同因素和不同方法的生存分析加载并处理数据 针对临床资料某一因素，如年龄，性别等进行生存分析，并画图 针对基因的生存分析：方法一：挑选感兴趣的基因做生存分析 针对基因的生存分析：方法二：批量生存分析 使...
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GSEA学习笔记Gene set enrichment analysis, 基因集富集分析 1、算法思想 对某基因Knock down和WT做差异表达分析之后，得到差异表达基因list，按照...
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
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单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现
时代的洪流奔涌而至，单细胞技术也从旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。雪崩的时候，没有一片雪花是无辜的，你我也从素不相识，到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹...
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单细胞转录组 数据分析||Seurat新版教程:New data visualization methods in v3.0编者按：本文介绍了新版Seurat在数据可视化方面的新功能。主要是进一步加强与ggplot2语法的兼容性，支持交互操作。 seurat visualization我们将使用之...
