动机 通常在单细胞RNA测序数据中观察到文库之间测序覆盖率的系统差异。它们通常是由细胞间的cDNA捕获或PCR扩增效率方面的技术差异引起的，这归因于用最少的起始材料难以实现一...
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完整的单细胞分析流程——数据标化（normalization）
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好记性不如烂笔头！<br>没有感情的流程“机器”👀
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seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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We'll do whatever just to stay alive.
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单细胞转录组功能分析（超详细clusterProfiler,GSEA,GSVA分析）单细胞分析不可避免的会涉及到鉴定不同细胞类型的功能或比较相同类型在不同状态下的功能差异，因此，功能分析在单细胞分析中相当重要. 功能分析的方法很多，这儿我们主要讲述3种功能分...
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单细胞学习4DE 比较不同的DE分析工具 bulk RNA-seq，现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR。对单细胞测序数据来说，通常需要先聚类之后把细胞群体进行分组，然后来比较不...
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14种单细胞测序去批次效应哪家强
今天跟大家分享的是2020年1月发表在Genome Biol.（IF：14.028）杂志上的一篇文章A benchmark of batch-effect correctio...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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浅浅的学习历程<br>生信新手，打工人，搬运工。<br>像王子文一样财务自由，才可实现生育自由<br>像李子柒一样把一件事情做到极致，才可实现职业自由
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用Seurat做RNA Velocity介绍：https://www.jianshu.com/p/63071b368be5[https://www.jianshu.com/p/63071b368be5]安装：注意：...
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用Seurat做RNA Velocity安装加载相应的包 If you don't have velocyto's example mouse bone marrow dataset, download with ...
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生物信息；python/R/Shell编程学习~<br>生信博士在读~ wx同号～
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单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞
公众号后台回复20210418，获取本文的测试数据 1. 回顾 前面我已经讲解了inferCNV的基本用法[https://www.jianshu.com/p/c01f56b...
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单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化
这一个分析，我目前只在Nature Communications上面看到过两篇文章，都是2020年发表的。肿瘤进化是单细胞里面做肿瘤内部异质性一个比较创新的角度，我参与的课题...
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（六）：细胞类型注释第六节：细胞类型注释 在本节教程中，我们将进行细胞类型预测分析。我们既可以对单个细胞（每个细胞都获得预测的细胞类型）进行预测，也可以在每个细胞簇上执行。所有方法均基于与其他数...
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单细胞交响乐1-理解scRNA常用的数据结构SingleCellExperiment刘小泽写于19.10.26-27，更新于2020-06-23，最近会继续整理这本资料为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合分析单细胞数据，...
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单细胞交响乐7-聚类分群刘小泽写于2020.6.30 + 7.2为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExper...
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代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解
标准化加高变基因选择 NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析...
