通过单拷贝基因构建物种树，一般有两种方法： 1，Concatenation（串联法）：将比对完成的单个单拷贝基因依次串联成一个超级基因（super gene/matrix）构...
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多个单基因进化树整合成一个进化树 -
选择压力分析，从序列下载到结果绘图选择压力及基因在进化过程中所受到的压力，也称自然选择。 在遗传学中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变频率(Ka)和同义突变频率（Ks）之间的比例。 一般认为，同义...
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如何计算kaks值和4dtv值前期准备 不同物种的蛋白和cds序列：os.pep, os.cds, sb.pep, sb.cds 依赖程序：blast+, clustalw2, ParaAT, KaKs_...
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Orthofinder 2.3Homolog是同源基因。 Orthologs,Orthologues 直系同源，是指不同物种之间的基因，起源于共同的祖先，基因功能可能一样，但又因为进化的关系，使得功能有...
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脚本 | Python | 操作OrthoFinder结果Orthogroups.tsv
持续更新...... 针对OrthoFinder[https://github.com/davidemms/OrthoFinder]的结果Results_*/Orthogro...
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【R语言】clusterProfiler富集分析，物种注释数据库相信大家对Y叔的clusterprofiler这个R包并不陌生，一般做基因富集分析的时候都会用到这个R包。这个包非常实用，并且画出来的图也很不错。 其实小编前面已经花了不少篇...
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非模式物种的一种简单版的go，kegg富集首先推荐Kobashttp://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/[http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas...
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使用EGGNOG-Mapper对非模式物种快速进行GO或KEGG注释对于非模式物种，需要做GO或KEGG富集，可以尝试使用EGGNOG-Mapper来对你的物种序列进行快速注释。在注释结果文件中，可以同时获得序列映射上的GO号或KO号，直接提...
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使用clusterProfiler包对非模式生物进行GO和KEGG的富集分析
clusterProfiler包是Y叔开发的一个强大的能进行多种功能富集的R包，对于有OrgDb或AnnotationHub中收录的物种进行GO和KEGG的富集分析非常的方便...
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非模式生物KEGG富集分析写在前面 因为我研究的物种比较小众，很多注释不完全，R包AnnotationHub中也没有对应信息，所以无法使用公共数据库进行kegg富集分析。所以自己尝试使用KAAS造一个...
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3大差异分析r包：DESeq2、edgeR和limma做差异分析需要的数据：表达矩阵和分组信息TCGA的数据只要表达矩阵就够了，因为其TCGA的样本ID比较特殊，样本ID的第14和15位是>=10还是<10就代表了这个样本是正常...
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ComplexHeatmap热图绘制 | 指定基因在热图中标记如想获得图例代码和数据，请到公众号“小杜的生信筆記”中回复“20220117”，链接有效期2022.17-2022.2.17（特别申明：该数据仅是演示数据，无任何意义） 教程...
