看到知乎一个好的文章分享。https://www.zhihu.com/tardis/sogou/art/83654843[https://www.zhihu.com/tard...
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@开心果_a8df 您好，这个asia的网点也不是很稳定，有时候能跑出来，很快，有时候就依旧报错，网站限制问题，我之前查阅解决这个问题的时候发现有些人用的是这个网站2020年或者2021年的镜像网站，但是很可惜我尝试后都行不通，挺看运气的。
biomaRt基因同源转换时 使用中遇到Timeout was reached的解决办法
根据之前别人po文中的代码进行，发现行不通 出现了下面这样子的报错： 看了下bioconduct上管理员还是谁回复的说是近期biomaRt上有很多下载大量数据的人，导致速度变...
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通过NCBI下载mRNA的序列
最近需要获得一批引物，直接交给公司设计较慢，设计过程中需要获得mRNA的序列，于是稍微学习了一下，现记录一下。 先是登陆NCBI网站主页：https://www.ncbi.n...
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@CrimsonUMO 感谢您的回复，我之前在医院里、家里、学校校园网都尝试过了，只有一次在深夜2点用这个2020年的网页历史记录跑成功过一次，第二天再试就失败了。浏览器能进入ensemble.org网站，今天使用的是校园网，尝试跑了一下您的整体代码。
rm(list=ls())# 一键释放工作环境
library(biomaRt)
listMarts()
mart = useMart('ensembl')
head(listDatasets(mart))
dataset <- listDatasets(mart)
dataset$description[grep("mouse",dataset$description)]
bmart <- useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL",
dataset = "mmusculus_gene_ensembl",
host = "www.ensembl.org")
在最后这个函数的时候依旧出现了网络报错：
Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) :
Timeout was reached: [www.ensembl.org:80] Operation timed out after 10001 milliseconds with 154534 bytes received
In addition: Warning message:
Ensembl will soon enforce the use of https.
Ensure the 'host' argument includes "https://";
加上https://也无法成功，报错为Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) :
Timeout was reached: [www.ensembl.org:443] Operation timed out after 10005 milliseconds with 116619 bytes received。可能就是网络问题吧，您有挂梯子吗，我科学上网后运行也失败了。R语言biomart包获取小鼠的基因长度
接上回的故事，公司给了新一批的数据，但是批次效应比较重，需要去批次。去批次之后，fpkm出现了负值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts转fpkm。目...
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@黄甫一 用了好像也会失败，可能是vpn网速不够？曾在深夜两点用2020年的的网络host跑成功过。
跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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R也可以计算保守性得分(phastCons100way.UCSC.hg19)
看文献时，翻到一张保守性得分图： 图片来源：Reducing the structure bias of RNA-Seq reveals a large number of ...
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这个是linex系统吗
关于PhastCons和SIFT4G的使用
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT软件分析氨基酸变异的有害性，经过一段时间的探索，对这两款软件已经有了还算全面的认识，在此记录一下分...
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这个host好像也不是很稳定，不定时能跑出来，有朋友有好用的host吗，求分享，
biomaRt基因同源转换时 使用中遇到Timeout was reached的解决办法
根据之前别人po文中的代码进行，发现行不通 出现了下面这样子的报错： 看了下bioconduct上管理员还是谁回复的说是近期biomaRt上有很多下载大量数据的人，导致速度变...
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human <- useMart('ENSEMBL_MART_ENSEMBL',dataset = "hsapiens_gene_ensembl", host = "https://nov2020.archive.ensembl.org/";)这个，换了很多host都下载不下来，您现在的代码还能运行吗？
R语言biomart包获取小鼠的基因长度
接上回的故事，公司给了新一批的数据，但是批次效应比较重，需要去批次。去批次之后，fpkm出现了负值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts转fpkm。目...
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这个host我运行错误，Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) :
Timeout was reached: [www.ensembl.org:443] Operation timed out after 10000 milliseconds with 161647 bytes received。很奇怪R语言biomart包获取小鼠的基因长度
接上回的故事，公司给了新一批的数据，但是批次效应比较重，需要去批次。去批次之后，fpkm出现了负值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts转fpkm。目...
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双曲线火山图一键拿捏日常瞎掰 火山图作为展示差异基因的首选，可以说是生信分析常见的图形了。常规的火山图会在x、y轴方向上添加垂直参考线，以方便区分满足阈值的差异基因。常规的火山图这里就不多了...
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从fasta文件中批量提取特定序列
如题，目的是从fasta文件中批量提取特定的基因序列.实现办法有几种： perl脚本：CSDN博主「little^raccoon」的原创文章perl实现根据序列ID从提取fa...
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跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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现在指定https://dec2021.archive.ensembl.org/为host，好像也不行了，前天晚上我用https://nov2020.archive.ensembl.org跑出来了，现在重新跑又不行了
跨物种同源基因转换（biomaRt和homologene）2022-06-17
适用背景 当我们进行跨物种比较分析时会发现基因名对不上，或者找不到基因，这时候就需要进行物种间的同源基因转换。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt，另外还查到NCB...
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你好，感谢分享，这个问题我已经解决，方法在我的文章中。
学习笔记| RNA-seq之biomart基因注释
biomart是一个R package，能够完成基因注释的工作。在我得到差异表达基因之后，可以直接使用该包直接注释。 网络上许多代码已经过时，特此更新用法。 1 安装 2 p...
