基础概念 肿瘤突变负荷（TMB） 是指特定基因组区域内体细胞非同义突变的个数，通常用每兆碱基多少个突变表示（mut/Mb），在早期研究中也直接以突变数量表示。 TMB 可以间...
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跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图叠加蜂群图完整示例论文 Graph pangenome captures missing heritability and empowers tomato breeding https://w...
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【小工具】智能合并测序数据fastq的脚本
介绍： 这是一个可以自动合并数据的简易脚本 应用场景： 有一批数据有三十几个样本,测序公司返回数据时由于数据量不达标，需要加测一次，部分样本数据量还是不够, 又加测一次才够，...
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39 - 动物模型需要考虑的效应
在构建动物模型时，需要考虑影响牛和性状的效应： 1 时间和位置 - 固定效应(1) 时间上：环境改善或变坏（太多月或者太热）；饲料质量和数量随时间改变； 分类可以采用星期，月...
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NGS分析手把手教学：全基因组分析GATK4管道教程详解(有完整代码)⚠️不想充值付费的小伙伴可以点赞，会随机挑选幸运观众赠送全文。 目录 前言1.分析环境的配置2.数据准备3.QC处理4.Index和Mapping5.Variant Call...
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python学习：primer3-py批量设计引物
100天生信-Day11 最近一直在做湿实验，需要大量设计引物，发现primer3有python版本，可以批量设计，简直神器。 参考教程：https://mp.weixin....
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将fasta模拟成fastq数据格式
模拟数据的脚本：脚本地址：https://github.com/levinyi/work/tree/master/script/simulate_fasta2fastq该脚本...
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TCGA样本命名规则
在TCGA中，一个患者可能会对应多个样本，如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据： TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-...
