有时候进行比对的物种没有GTF文件，需要转化GFF为GTF文件才能用于featureCounts计数，这时需要用到gffread这个软件，进行以下操作：
发简信
IP属地：北京
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GFF文件转化为GTF并用于featureCounts计数
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Excluding Oct4 from Yamanaka Cocktail Unleashes the Developmental Potential of iPSCs从山中四因子OSKM中排除 Oct4 可以释放 iPSC 的发育潜力Excluding Oct4 from Yamanaka Cocktail Unleashes the D...
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成纤维细胞诱导hiPSC优化Optimization of episomal reprogramming for generation of human induced pluripotent stem...
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pySCENIC运行报错：python3.9/site-packages/pyscenic/transform.py:42: FutureWarning: In the future `np.o...按照网上教程安装各种依赖包后，运行pyscenic仍然报错： 经查阅是由以下原因导致的，[BUG] Installation error · Issue #518 · aer...
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tximport报错：Error in .local(object, ...) : None of the transcripts in the quantification files ...
salmon数据用txiport导入R时，明明用的都是一样的转录本注释，但是提示None of the transcripts in the quantification f...
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那些常用的limma操作刘小泽写于19.12.29 + 2020.1.1这一篇不扯别的，只列我认为比较重点的limma包的知识，所以代码部分可能比较多。但也会用不同的知识点来区分 前言 limma的...
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加速你的Conda——LibmambaAnaconda | A Faster Solver for Conda: Libmamba[https://www.anaconda.com/blog/a-faster-c...
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conda install 报错 File "/home/lilab/miniconda3/lib/python3.10/site-packages/conda/exception_hand ...conda install 或update安装软件一直出现以下报错信息 ，始终无法更新或安装新的软件，估计是之前有一次更新软件时中间被意外打断造成的冲突 后来尝试过各种方法，...
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如何使用deeptools处理BAM数据如何使用deeptools处理BAM数据 总体介绍 deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如RNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq,...
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ChIP-seq实践（非转录因子，非组蛋白）在实战之前，首先对CHIP-seq分析做一些了解，以下是从各个地方copy过来综合起来的，有些散乱，是我认为重要以及应该了解的知识点。chip-seq 实战就跟在转录组和外显...
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ChIP-seq实践(H3K27Ac,enhancer的筛选和enhancer相关基因的GO分析)在实践之前，我先查找了一下有关组蛋白修饰的知识点：（参考文章：https://www.jianshu.com/p/8aca72809c5c） 组蛋白修饰能预测染色质的类型（异...
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2020-06-17 RIPSeeker: 用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关转录本的统计R包
RIPSeeker clp 17 June, 2020 RIPSeeker: 用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关转录本的统计R包 RIPSeeker使用具有负二项分布概...
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CLIP、RIP-seq讲座视频笔记系列笔记基于达澈生物讲座视频，从中初步学习了解生信分析中常遇到的组学分析技术。ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN讲座视频笔记 - 简书 [https://w...
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利用HOMER预测目标序列的motif（从运行程序到结果解读，以及注意事项）关于查找motif，目前有很多种软件可以进行预测。我所在的实验室通常使用FIMO（MEME套件里的一个），但是有很多文献里也提到了HOMER这个软件，并且不乏一些影响因子很高...
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CUT&Tag数据分析笔记（3）这是CUT&Tag数据分析的最后一部分，这一部分基本就是进行各种的可视化了。 第七节 可视化 通常，我们感兴趣的是使用基因组浏览器在各个区域可视化染色质landscape。I...
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CUT&Tag数据分析笔记（2）在开始笔记之前我只想吐槽一下，官网里这一部分的代码错的离谱！！！各种报错报的我怀疑人生。。。 第四节 比对结果过滤和文件格式转换 （一）利用比对质量过滤比对上的【可选步骤】 ...
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CUT&Tag数据分析笔记（1）前几天学习了文献CUT&Tag[https://www.jianshu.com/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟着官网来学习如何分析CUT&Tag数据了...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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SCTransform：单细胞样本的标准化Seurat从3.0版本引进了SCTransform这个函数用来对数据做标准化，并且这一个函数可以代替三个函数（NormalizeData, ScaleData, FindV...
