picard安装最新的，但是应用时出现报错 解决方法： 下载2.27.5版本的picard
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跟着PNAS学作图 | 提供全文数据和代码论文 题目：Death rates at specific life stages mold the sex gap in life expectancy 网址： https...
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R语言绘制临床三线表临床模型的构建所需的第一个表就是基线表，基线表的制作有很多种方法，今天试试R。制作三线表所需的包table1,安装完毕后使用使用boot包中的自带数据 可以发现数据集中sta...
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R语言中如何更改R包安装路径
R中包的安装位置默认是在C盘，经常出现C盘不够用，那我们就需要吧软件安装在其他盘中，包括R语言中R。 第一步：首先查看一下自己的安装位置,一般默认都是在C盘，我们就可以给他的...
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[R Tips] 多个向量取交集
假如有 3 个基因列表存储在 R 的向量，此时 intersect(intersect(A, B), C) 可以取三者交集；假如 10 个基因列表呢？ 9 层嵌套 inter...
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关于NGS数据处理中的PCR Duplicate
最近在学ChIP-seq数据分析，遇到一个之前没遇到过的问题，关于PCR Duplicates的问题，记录一下自己搜索的答案和思考 在做转录组数据分析质控那一项的过程中，利用...
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差异可变剪接软件哪家强？
作者： 童 蒙编辑：amethyst 可变剪接作为转录后修饰的重要环节，对细胞的活性和疾病的发生发展都有广泛的作用。尽管目前软件很多，但是软件间的比较却比较少。作者系统地...
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2023-03-02 新bing跳转试过网上用Modheader更改设置，无效。试了这种方法亲测有效。无需下载新版的edge dev，但是要获得申请资格。 首先要科学上网，代理国内或者全局都可以。打开bing，...
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生信＋实验：最全单基因研究套路总结
随着测序技术的发展，每年测序数据量以PB级增长。随着海量测序数据的增长，越来越多的研究人员开始挖掘公共数据库中的测序数据的意义。已有很多研究表明，某个基因可能参与了某种肿瘤的...
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一个完整的WGS变异检测snakemake流程详解
写在前边的话 在此要感谢碱基矿工[https://www.jianshu.com/u/47e9e401869f]，第一次做全外显子测序的变异检测时便是参考了他写的教程，当...
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个性化生信分析
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WGCNA原理简介网络图 在传统的网络图里面，一般分为非权重网络和权重网络对于非权重网络： 非权重网络的特点是只能表示两个点之间是否有关系，单纯的“一刀切”，即只有“有关系”和“无关系”这两种...
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risk_score_table[,eachsig gene] * (summary(cox report)$coefficients [each_sig_gene,1]). 如果risk_score_table 里每列代表基因的话，应该是乘错了，需要对数据框进行倒置。
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TCGA+biomarker——Cox回归森林图
森林图简介 森林图（forest plot），从定义上讲，它一般是在平面直角坐标系中，以一条垂直于X轴的无效线（通常坐标X=1或0）为中心，用若干条平行于X轴的线段，来表示每...
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【张勇】ChIP-seq 讲习班参考： 本讲 PPT 下载链接为：http://pan.baidu.com/s/1skJAaAx，密码：ga2l视频链接：https://mp.weixin.qq.com/s...
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测多少数据量？几个G？多少reads？如何换算
| lncRNA表达量低，所以要看lncRNA的表达量变化，就要比普通RNA-seq多测一些。 要兼顾SNP和低表达量的lncRNA，要测得更深一些~ 到底需要测多少数据量呢...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python开发的工具，适用于有效处理分析高通量测序数据，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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ChIP-seq基础入门理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不...
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2022-03-19 macs2 安装报错看很多教程说macs2需要python2的环境,但是建立了python2.7的小环境,安装后一直报错.pip或者conda安装方式试过了都不行. 现在macs2已经支持pyt...
