获取启动子区域[https://www.jianshu.com/p/f344692fa8e1]之后，我们可能想要提取这些区域的碱基序列，有两种常见做法： 直接使用Biocon...
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51.《Bioinformatics Data Skills》之获取基因组区域碱基序列 -
ChIP-seq 分析：GO 功能测试与 Motifs 分析（12）动动发财的小手，点个赞吧！ 1. 包加载 我们可以使用 rGREAT 包中提供的 GREAT Bioconductor 接口。 2. GO和功能测试 要提交作业，我们可以使用...
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如何提取拟南芥（或非模式物种）基因的启动子序列_基于R_补充部分（getSeq或BSgenome）
在上一篇中，本来说好的是“如何提取拟南芥（或非模式物种）基因的启动子序列_基于R”，结果却只说了提取拟南芥的情况。 这里我再补充下针对非模式物种。这里有两个策略，一个是构建对...
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MethylKit 使用手册
methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。 1. 加载原始数据 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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用circlize包绘制circos plotcirclize包 circlize包在德国癌症中心的华人博士Zuguang Gu开发的，有兴趣的可以去看看他的Github主页。这个包有两个文档，一个是介绍基本原理的绘制简...
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bed文件转成等bin的bedgraph格式目的： 当你想可视化你所研究的数据在染色体上分布，可能会用到RIdeogram来画类似的图。如何整理成要求的输入文件格式呢？ 标准输入文件： 一定长度为bins 的count...
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转座子（TE,散在重复）特征及其对基因组影响基因组中重复序列大体分为两类：串联重复（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可预测）散在重复（Dispersed repeats），...
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