对比了多个说法，你是对的👍，谢谢提醒
「简化基因组」如何过滤用GATK分析得到的SNPGATK官方提供了一个SNP过滤的标准，howto-apply-hard-filters-to-a-call-set,如果你按照它的要求来过滤简化基因组中的SNP数据，也就是...
发简信
IP属地：江西
-
-
全靠自学 ·符合过滤条件的snp应该符合以下参数：
QD > 2.0
FS < 60.0
MQ > 40.0
MQRankSum > -12.5
ReadPosRankSum > -8.0
SOR < 3.0
而不是FS > 60.0,SOR > 3.0。对应硬过滤中视为需要过滤的位点的表达式为"QD < 2.0 || MQ < 40.0 || FS > 60.0 || SOR > 3.0 || MQRankSum < -12.5 || ReadPosRankSum < -8.0"。没考虑过为什么你在table的时候结果刚好相反吗？ -
群体结构——PCA分析概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也称主分量分析，旨在利用降维的思想，把多指标转化为少数几个综合指标。 在统计...
-
文章写的很好，很详细，但是重新添加SNP编号那行代码是不是有点问题
admixture 群体结构分析
tructure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA，进化树，群体结构分析可明...
-
构建 IBS 矩阵后，怎样得到IBS 距离矩阵？
群体遗传学之个体间遗传距离及其计算方法
01-Definition Genetic Distance Genetic distance is the degree of genetic difference (ge...
-
是不是直接用第三步就可以，不用第二步转换一下
利用EIGENSOFT中的smartpca模块进行PCA分析
这个工具是很经典老牌的工具，是非常可靠也得到了学术界认可的一款软件。工具官网：https://www.hsph.harvard.edu/alkes-price/softwar...
-
跑通GWAS，用这些脚本就够了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...
-
很通俗易懂👍不过你表格上面小爹小妈的基因型好像写反了
binmap-123
原网址：1）http://www.jintiankansha.me/t/etiz287dU8 2）http://www.jintiankansha.me/t/i81Con4f...
-
关注：生物统计，数量遗传，混合线性模型，生物信息，R，Perl，Python，GWAS，GS相关方法，文章及代码<br>
-
<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.cnblogs.com%2Fwangprince2017%2F" target="_blank">https://www.cnblogs.com/wangprince2017/</a> 博客园<br><br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fblog.csdn.net%2Fu010608296" target="_blank">https://blog.csdn.net/u010608296</a> CSDN<br><br>学者网<a href="https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fwww.scholat.com%2Fwangchuang" target="_blank">http://www.scholat.com/wangchuang</a><br><br>研究之门ReseearchGate<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.researchgate.net%2Fprofile%2FWang_Chuang9" target="_blank">https://www.researchgate.net/profile/Wang_Chuang9</a><br><br><br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fbbs.sciencenet.cn%2Fhome.php%3Fmod%3Dspace%26uid%3D944416%26view%3Dwc12436109" target="_blank">http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=944416&view=wc12436109</a> 科学网
-
