R中包的安装位置默认是在C盘，经常出现C盘不够用，那我们就需要吧软件安装在其他盘中，包括R语言中R。 第一步：首先查看一下自己的安装位置,一般默认都是在C盘，我们就可以给他的...
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R语言中如何更改R包安装路径
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根据免疫细胞浸润情况鉴定新的预后相关基因特征Identification of a Novel Prognostic Gene Signature From the Immune Cell Infiltration L...
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跟着Science学作图：R语言ggplot2散点/连线/95%置信椭圆展示主成分分析结果论文 https://www.science.org/doi/10.1126/science.abk0989[https://www.science.org/doi/10.1...
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GDSC数据库使用（分析基因表达量与药物敏感性影响）
数据下载：不要下载raw data细胞系注释文件： Cell-line-annotation[ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/project/cance...
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一文读懂R语言corrplot相关热图分析及美化！！！（附图详解，建议收藏）
gzh原文点我，欢迎同时关注[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwODAxMzc5Mw==&mid=2247489477&idx=1&s...
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time ROC代码
一、绘制符合ggplot2风格的图片，可以加theme 1、先定义一个函数，生成timeROC对象，注意数据集和相应列名需要修改 2、计算每180天的ROC参数，具体时间可以...
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临床生信文章普遍存在的两个统计问题
临床预后模型，大多包含风险分层和独立预后分析两个验证分析，而很多文章在两个分析上存在不严谨。下面介绍一些分析的关键点。 1. 风险分层与cutoff 一般而言，预后模型会有训...
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跟着 Cell 学作图 | 复杂热图(ComplexHeatmap)今天我们复现一幅2020年发表在Cell上的热图。 DOI:10.1016/j.cell.2020.07.009 22 读图 将不同样本的基因表达情况用热图展示并将倍数变化条...
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文章复现-全外显子数据分析学习1下载数据教程在：肿瘤外显子数据处理系列教程（一）读文献并且下载测序数据 (qq.com)[https://mp.weixin.qq.com/s/gFd74rOqP56AnyXbllu...
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倾向性评分(propensity score, PS)
随机对照实验是推断因果关系的金标准，即通过随机化过程对所有的基线因素进行平衡。也就是说，在满足入选条件的病人中，他们是否接受治疗是通过完全随机化决定的。 因此观察到的病人结局...
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零代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据上一期，小编已经给大家分享了如何用R代码来合并新版TCGA中的RNAseq表达谱数据 ☞R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据[https://link.zhih...
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R语言进行GSEA分析先加载R包 第一步：差异分析 首先是用limma包做差异分析的过程 这里由于做的时候是FPKM数据，所以参考了生信技能树的教程： 第二步：获取基因集 MSigDB可以方便地获...
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使用R包ggcorrplot可视化相关矩阵在R中可视化相关矩阵(correlation matrix)的最简单方法是使用corrplot包。另一种方法是在ggally包中使用函数ggcorr()。 但是，ggally...
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m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值m6A甲基化是目前研究的一个热点，前面给大家介绍过☞m6A甲基化数据分析流程[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixi...
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R语言ggboxplot-一文掌握箱线图绘制所有细节作者：白介素2相关阅读：R语言ggplot2绘制箱线图R语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断R语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggforestR...
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单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现
时代的洪流奔涌而至，单细胞技术也从旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。雪崩的时候，没有一片雪花是无辜的，你我也从素不相识，到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹...
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GDSC数据库：信号通路和药物GDSC：Genomics of Drug Sensitivity in Cancer https://www.cancerrxgene.org/[https://www.c...
