在高通量测序数据的处理中（例如，在重测序研究、组装结果的re-mapping校正中），我们经常会将测序reads与参考序列进行比对（常见的如BWA、Bowtie等工具），并将...
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基因组浏览器、BAM文件可视化工具（1）--- Tablet -
ROH分析流程及各种参数的选取1前言 ROH参数的设置越看越复杂《How to study runs of homozygosity using PLINK? A guide for analyzing ...
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ROH、近交系数、亲缘系数、IBD、IBS连续纯合片段（runs of homozygosity, ROH）是亲代将同源相同的单倍型传递给子代而形成的，基于ROH计算的基因组近交系数是个体真实的近交系数，它比传统系谱...
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ROH分析及热点区域计算0写在前面 脚本方面充斥着CHATGPT，复制粘贴。尽管每个步骤都实际运行过，但因为是一边实验一边写，难免存在错误各种排版，细节问题懒得细抠了这篇文章又被锁定了 1.文件处理...
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动植物重测序--全基因组关联分析GWASGWAS简介 GWAS（Genome-wide association study）是对遗传多样性丰富的自然群体的每个个体进行基因组测序，结合目标性状的表型数据，基于一定的统...
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CFVisual绘制Motif+基因结构+结构域+进化树+启动子图的单独或组合图1. 软件简介 CFVisual_V2.1软件是一款借助Python语言的matplotlib库和PySide2库进行生物序列结构绘图的数据可视化软件，主要用于生物信...
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重复一篇文献的GWAS（一）：基因型数据整理文献：A new regulator of seed size control in Arabidopsis identified by a genome-wide asso...
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重测序分析（3）比对到参考基因组
将经过过滤后得到的高质量数据比对到参考基因组上，并进行排序和去重复等处理，用于后续的变异检测。 软件准备 bwasamtoolspicard 文件准备 参考基因组：genom...
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重测序分析（2）原始数据的质控和过滤fastq数据格式 第一行：描述信息（包括表头、芯片 ID、第几个通道、识别碱基）第二行：读取碱基第三行：+第四行：碱基质量分数，每个字符对应第二行相应位置碱基或氨基酸的质量...
