irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架（修订版） - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/66c3653526...
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irGSEA基因集评分-绘图-代码 -
单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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Seurat绘图函数总结（更新版）更多重要函数见：Seurat重要命令汇总[https://www.jianshu.com/p/104f9290af8b] Seurat绘图函数总结 在使用R语言进行单细胞数据...
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数据处理tips
转置数据框并将行名变为列名，列名变为行名 dplyr包提取数据的tips 提取几个文件中都腹肌到的通路信息 提取所有通路富集到的基因名称，并按照通路名为列名，内容为基因名，生...
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基因集富集分析(GSEA)及其可视化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一种计算方法，用于确定事先定义的一组基因是否在不同的样品中差异表...
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Seurat for single-cell sequencingData import and integration Data analysis 1. Load R packages and count_matrix. For csv ...
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单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现
时代的洪流奔涌而至，单细胞技术也从旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。雪崩的时候，没有一片雪花是无辜的，你我也从素不相识，到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹...
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NCBI批量下载SRA文件并用SRA Toolkit提取Fastq文件准备工作：先下载安装IDM（百度：internet download manager，收费软件，有绿色汉化版），IDM支持断点续传和多线程，并且可以自建下载队列批量下载，非常...
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快速下载SRA文件及fastq-dump的小陷阱
基于prefetch, 2023.10.17测试可用在conda环境进行SRA文件快速下载 1.安装sra-tools: 2. 下载Accession List prefet...
