华中农业大学<br>园艺植物生物学教育部重点实验室
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IP属地：北京
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一场没有硝烟的战争 | 小议植物的免疫系统相信对于包括笔者在内的许多年轻人来说，从没有像如今这样关注自己的免疫力。以前，关注免疫力也许只是父母甚至爷爷奶奶辈的老年人的专利。不过，今年一场突如其来的新冠病毒的爆发使“提...
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生命之泉 | 顶端弯钩中生长素的极性运输在《条条大路通Auxin | 再议顶端弯钩的形成》一文中，我带大家回顾了生长素在顶端弯钩形成过程中是如何发挥重要作用的，并总结出了一个生长素不对称分布介导顶端弯钩形成的模型。...
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条条大路通Auxin | 再议顶端弯钩的形成在《众志成城，共克时艰！拟南芥顶端弯钩的形成》一文中，我带大家回顾了各种植物激素和环境因素相互配合，共同调节拟南芥顶端弯钩形成的过程。在文末，我特意提到了生长素也在顶端弯钩形...
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众志成城，共克时艰 | 拟南芥顶端弯钩的形成对我们中国人来说，2020年注定是不平凡的一年。新年伊始，一场突如其来的新型冠状病毒的爆发打乱了所有人的生活节奏。作为博士研究生的笔者，本来打算趁着春节假期好好修整一下，节后...
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水稻耐淹QTL Sub1的奇幻之旅：从地方品种到现代栽培种水稻是一种重要的粮食作物。在世界范围内，一半以上的人口都以水稻作为主粮。亚洲是水稻主要的生产地和消费地，约90%的水稻产量和消费都集中在亚洲国家【1】。在南亚和东南亚，由于当...
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@新月明空LF 首先，确认一下你定位的区间和是不是确实和表型是连锁的。如果确实连锁的话，看一下你找到的连锁区间有多大，如果比较大的话（几百kb），可以根据SNP设计dCaps marker，进行图位克隆，进一步缩小区间。另外，还可以根据注释，看一下这些SNP位于基因的位置，如果位于基因的编码区或调控区的话，重点考虑这样的基因。还可以根据基因的功能注释，对候选基因可能性大小排序。
使用MutMap快速定位突变基因：实战篇
通过前面两篇文章对MutMap原理和分析流程的介绍，我们对MutMap的分析已经有了比较深入的了解，是时候来点儿数据实战一下了！ MutMap的发明者已经搭建好了一套Pepl...
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linux20道练习题1.在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列。 2.在创建好的文件夹下面，比如我是/Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/...
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GATK-变异流程2
上次我们整理到bwa比对后得到bam文件，下一步我们要通过GATK流程从bam文件中call variant。 一、使用GATK前须知事项： 对GATK的测试主要使用的是人类...
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自己构建物种包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler进行富集分析时，发现网上没有物种包OrgDb，利用网上教程构建了一个。主要参考了刘小泽的简书，特别感谢一下！！！ emapper首先得到注释...
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测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与G...
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根据自己构建的orgDb进行GO分析1. 在Rstiduo中安装自己的orgDb包 2. 载入R包并大致查看一下R包的内容 可用keys（）命令查看一下这个包大致有哪些genes。 可用select（）命令查一...
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构建自己物种的orgDb
1.首先安装eggnog-mapper软件 注释所需要的物种数据库网址如下，同时也可以用里面的脚本download_eggnog_data.py下载你所需要的数据库： egg...
