单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图 -
您好，请问只有barcode gene matrix可以构建anndata格式嘛
Scanpy数据结构：AnnData
AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式 1. AnnData数据结构： 主要包含四个slots：X contains the expression matri...
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10X scRNA免疫治疗学习笔记-3-走Seurat标准流程刘小泽写于19.10.15笔记目的：根据生信技能树的单细胞转录组课程探索10X Genomics技术相关的分析课程链接在：http://jm.grazy.cn/index/m...
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RNA-seq入门实战（三）：从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵本节概览：从featureCounts输出文件中获取counts与TPM矩阵:读取counts.txt构建counts矩阵；样品的重命名和分组；counts与TPM转换；基因...
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转录组全记录：从rawdata到DEG功能富集
写在前面：本文是新手学习全记录，仅供参考，欢迎交流！ 1. rawdata 1.1 QC 1.2 数据量统计 调用工具：iTools使用： 2. cleandata 2.1 ...
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【原创】R语言实战：read counts如何转化为TPM和FPKM, TPM和FPKM相互转化
载入数据 mycounts<-read.csv("2020武汉加油.csv")head(mycounts)rownames(mycounts)<-mycounts[,1]my...
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单细胞之rds，loom和h5ad数据格式转换
Seurat依旧是单细胞分析的利器，也有越来越的的单细胞分析工具基于python开发。在数据分析时，有时需要将seurat的结果迁移到python下游分析，手动迁移seura...
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你好，请问rds数据怎么下载呀😭谢谢～
单细胞-傻瓜式Seurat的rds文件转Scanpy的h5ad文件
在Seurat主导的单细胞世界里，Scanpy算是有点小众了。可是坑爹的是自己还必须用scanpy(谁让流程已经搭建好了，数据已经处理一半了；谁让师兄说这个数据量大R带不起来...
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[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可视化1、富集分析的背景知识 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
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转录组分析5——差异表达分析差异表达分析内容：• 基因表达量的标准化方法及可视化➢ counts，RPKM，FPKM，TPM➢ PCA图、热图等• 差异表达分析及可视化➢ limma-voom，edge...
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R语言绘图 | 使用pheatmap快速绘制热图
欢迎关注微信公众号“生信小王子”！热图是我们展示数据时常用的图形，今天小编教大家使用"pheatmap"快速绘制热图。 首先，我们需要准备输入文件。比如，我想绘制热图来比较3...
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DESeq2详细用法1.构建DESeq2对象 （1）从SummarizedExperiment对象构建DESeqDataSet对象 se为RangedSummarizedExperiment对象...
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遗传学 博士研究生在读
