虽说是搞数据分析的，但是分析的数据五花八门，所以各种知识点都需要掌握。现在即将开启新方向，那么阅读相关文献不懂的时候，就需要开始查阅并掌握相关知识点啦。 HLA是Human ...
发简信
IP属地：西藏
-
@法瑞斯 我发你。
TCGA数据库下载后文件合并与转换
1、从TCGA上下载癌症相关数据到rawdata，下载一般用TCGA_gdc-client。以原始的Seq-count为例。 2、加入cart之后下载manifest.jso...
-
单细胞数据整合方法大汇总单细胞数据大爆发增长很多时候会对多种样本，不同平台来源的细胞进行整合分析，查看细胞之间，基因表达等等方面的具体差异。现阶段单细胞数据整合的方法有很多种，常用的CCA, Har...
-
@zzxzzx9841 嗯嗯 直接count
cellranger count使用
1、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件，那么就直接上cellranger count。氮素，如果你是I1/R1/R2的数据，那就麻烦还要跑个cellranger m...
-
@FOREST_9b89 我记得是一天多，如果崩了 那就是内存不够了。
单细胞转录组差异表达分析——DEsingle
上一篇说道SCDE包进行单细胞测序的差异表达分析。这一篇就来说说DEsingle这个包。1、安装先上包的官网链接https://github.com/miaozhun/DEs...
-
统计学中的显著性检验
搬运保存：如何理解数据差异的显著性检验 ？ - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/49467403] 数据差异的显著性检...
-
@FOREST_9b89 哈哈哈哈
sorry, 我也不太记得了，但是如果崩了就不要用这个方法了，直接findmarkers吧。
单细胞转录组差异表达分析——DEsingle
上一篇说道SCDE包进行单细胞测序的差异表达分析。这一篇就来说说DEsingle这个包。1、安装先上包的官网链接https://github.com/miaozhun/DEs...
-
肿瘤突变负荷 tumor mutation burden（TMB）定义
之前就遇到过这个问题，不是很理解，终于找到了这个比较明白的解释。来源：(1条消息) TMB简介（肿瘤突变负荷 tumor mutation burden, 简称TMB）_高锦...
-
空间转录组和单细胞转录组测序数据联合分析最近开启了新篇章：分析空间转录组和单细胞数据。 头大。。。。。 这新技术一天一个样子。想想这些个新技术有的时候也是蛮鸡肋。追吧，不太适用于现在所关注的肿瘤类型。不追吧，人家都...
-
windows系统下aspera的下载、安装和数据下载
上一篇文章提到Linux系统下如何下载。但是鉴于服务器网络连接受到限制的问题，所以还是先windows下载，然后再上传吧。那么，windows下怎么搞呢?1.下载window...
-
1.内含子剪切的鉴别
可变剪接——内含子的剪辑的筛选将所有依赖软件先安装好，并添加环境变量 安装旧版本 旧版本不好用，所以最终还是决定使用新的版本。安装：很简单，按照protol完成，然后将路径添...
-
@LULU_75b4 不可以，每个物种的GO文件是不一样的。
TBtools进行GO富集分析
1、下载GOA文件，下载网址如下：http://current.geneontology.org/annotations/index.html[http://current....
-
@a9812c795ad0 火山图？
单细胞转录组差异表达分析——DEsingle
上一篇说道SCDE包进行单细胞测序的差异表达分析。这一篇就来说说DEsingle这个包。1、安装先上包的官网链接https://github.com/miaozhun/DEs...
-
不要企图用win 直接Linux就可以搞定了。😃
cellphoneDB踩坑经历
妈呀，差不多一周时间就在安装这个包，简直了。蓦然回首，真的想抽自己。所以以后升级的时候能不能说明一下情况？哪些包跟着一起升级了，哪些没有！！！！ 首先安装miniconda,...
-
@e00179e02776
厉害了。
Seurat使用
这里我就用示例数据讲解啦。可以在GSE数据库下载你所关注的病症的数据集。 下载链接“https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cg...
-
单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
