最近这段时间一直在忙着毕业论文开题，写文献综述，各种的材料，在此期间，发现了一个写论文的神器，在此感谢@樱桃家的萌帅大神的推荐，就是NoteExpress软件，下文简称NE，...
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写论文必备文献管理神器—NoteExpress软件 -
RNA-seq名词解释（5）
（七）分子标记相关 分子标记：是遗传标记的一种，直接在 DNA 分子上检测遗传变异。分子标记能对不同发育时期的个体、组织器官甚至细胞作检测，数量极多，遍及整个基因组，多态性高...
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R语言-11利用sample函数抽样
sample基本用法参数解释：x表示所要抽样数据，size表示抽样个数，replace为T表示采取有重复的抽样代码目的：在1到10间有放回的随机抽取5个数 对数据框抽取 按一...
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高通量测序中，read、contig和Scaffold分别是什么
1.什么是Reads? 高通量测序平台产生的序列就称为reads。 2.什么是Contig？ 拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重...
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LD单倍型块图的绘制大家好，今天给大家分享一个软件(LDBlockShow)用来绘制LD单倍型块图。在文献中我们经常看到两类图会用到连锁不平衡，一类是LD衰减图，另一类就是LD单倍型块图。需要画...
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R-ggplot2-说说绘图中颜色的这点事-应该是比较全的总结篇0. 问题导入 之前绘图的时候，我经常会去RGB颜色对照表[https://tool.oschina.net/commons?type=3]上手动去摘选颜色码，然后手动粘到g...
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基本概念：read,contig,scaffold,N50英文内容搬运自：https://bioinformaticsworkbook.org/introduction/dataTerminology.html[https://bi...
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群体结构——PCA分析概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也称主分量分析，旨在利用降维的思想，把多指标转化为少数几个综合指标。 在统计...
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admixture 群体结构分析
tructure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类，分子标记可以是SNP、indel、SSR。相比于PCA，进化树，群体结构分析可明...
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绘制 SNP 密度图一般使用 CMplot 绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度图，仅仅需要三列即可：a. 第...
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最全bcftools使用说明--只看本文就够了1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式，并能自动检测输入的格...
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R语言pheatmap热图色条控制小技巧本期介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。 使用的是R语言的pheatmap包，先生成随机数据： data1如下： 查看数据范围： 使用上面的矩阵做热图，要求低值...
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ggplot2 绘制带星号和 Pvalue 值的相关系数热图ggplot2 绘制相关系数热图 加显著性 * 和 Pvaue 值 参考：哪里不会搜哪里，哈哈哈 其实归根到底就是全文要敲用判断和 paste() 或者 paste0() t...
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2020-01-15 随机森林-原理及如何用R绘图参考学习资料：菜鸟团生信专题 StatQuest生物统计学专题 - 决策树(1) StatQuest生物统计学专题 - 决策树(2) StatQuest生物统计学专题 - 随...
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R 各类循环简介（二）
今天我们介绍下速度比较快的apply()家族函数，它的运行速度有大神已经测试过，详情请看：https://www.jianshu.com/p/cac358ac3033 app...
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基因型数据与1000G merge后做PCA看人群分布
写在前面，对于生信新手来说，不熟悉代码的基础，总是空中楼阁一般，想搜一条代码、做一些适合自己数据的运算更是难上加难，踩过的坑总要填，为了新手们不要像我一样浪费时间在这苦恼的代...
