通常求表达量的相关系数，是每两个样本间或每两个基因间的，最后得到相关性矩阵。但是我想求一个基因在不同处理下的相关系数，或者特定的一对基因之间相关系数，怎么办？ 方法1. t...
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脚本 | R | 每个基因在不同处理下表达量的相关系数
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【动植物研究动态】20220313文献摘选
Hortic Res | 中国医科院药植所卢善发：药用植物北马兜铃染色体水平的基因组图谱[https://mp.weixin.qq.com/s/y2fNaF1iNwjqdge...
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小麦育种历史揭示了植株构型和籽粒产量多性状基因组位点的协同选择
作物种质的多样性调查对于深入了解植物结构和谷物产量提高的基因组基础非常重要，这在小麦中仍然知之甚少。在这里，我们对过去 100 年收集的 287 个小麦种质进行了外显子组测序...
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进步神速
脚本 | Shell | 任意n个样本表达量超过0.5视为表达
20210904 更新，今天上午完成了开题，最近没睡好觉，躺在床上，不知怎么想起了这段代码，发现真的非常之愚蠢。 只需下面简简单单的代码就能得到结果 以下为原文章： 文献上的...
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日常 | 2021-08-19 | 研一的终结
研一 研一上写了一个脚本，一步实现流程，当时很是高兴；服务器的各种问题带给了我无尽折磨；我逃避、拖延，好高骛远，心浮气躁；具体来说，文献没看几篇，差得很多。 希望研二 理论u...
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非同源染色体配对:序列相似性还是遗传控制?
多倍体必须正确地分离同源染色体。我们认为，这一过程不仅是由序列相似性决定的，而且还受到强大的遗传控制，这可能在不同的世系之间有所不同。我们还强调了伴侣的可用性和基因组结构等因...
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Inspector--准确的长读从头组装评估
长读从头基因组组装继续快速发展。然而，缺乏有效的工具来准确评估装配结果，特别是结构误差。我们提出Inspector，一个无参考的长读从头组装评估器，它忠实地报告错误的类型和它...
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植物基因组测序二十年:成就与挑战
在过去的20年里，已经公布了1000多个植物基因组的序列，代表了788个不同的物种，具有高度的多样性。采用新型支架策略的长读测序进一步彻底改变了基因组测序，使得随着基因组复杂...
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MBE|比较基因组分析突出转座子介导的基因组扩张和棉花 3D 基因组折叠的进化结构
转座子 (TE) 扩增已被认为是介导基因组大小扩展和进化的驱动力，但在植物中塑造 3D 基因组结构的后果在很大程度上仍然未知。在这里，我们使用牛津纳米孔技术报告了基因组大小为...
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持续遗传变异的维持:大西洋刺鱼的基因流动与选择中立
对衍生生境的适应往往是由长期遗传变异(SGV)引起的。遗传变异在祖先群体中的维持通常归因于净化选择和跨生境杂交产生的基因流之间的长期拮抗。基于多基因适应的定量遗传模型的另一种...
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我也下载不了，报相同的错误，目前没有找到和ascp类似高速下载sra的方法，求下载SRA的方法
2021-02-14 ascp下载ENA数据库文件
因为ENA跟NCBI的SRA数据是互通的，所以根据NCBI的SRP号就可以在ENA搜到相应的数据。目前好像无法由于存储位置的改变，无法直接用ASCP下载SRA数据库，因此直接...
