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raxml-ng modeltest-ng iqtree2网站们
http://blog.sciencenet.cn/blog-3459184-1276536.html（软件说明汇总整理） RAxML-NG tutorial (isu-mo...
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iTOL进化树调图细节记录iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结[https://www.jianshu.com/p/20af7e003d19]。最近重用，调图时又发现了...
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2020-12-08 IQtree学习笔记IQtree笔记 根据windows软件phylosuite跑的IQtree代码，修改后在服务器中跑phylosuite原代码 修改后代码 -m MFP（版本1.5.4之后，...
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2019-05-21-多基因联合建树软件astral方法
description astral是基于java开发的根据一组无根的genetrees建立speciestree。 tutorial steps installation ...
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生信log13|原核基因组分析流程一：常用在线工具使用总结及评价另附一些小白Q&A（超啰嗦的笔记）笔者有话：写这篇日志的目的在于记录原核基因组下游分析比较基础的步骤，使用这些工具的时候很想吐槽的点，以及一些些数据的解析防止之后自己忘得一干二净的时候还能知道是怎么回事。希望...
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2021-03-26orthofinder寻找直系同源基因该文章引自 https://mp.weixin.qq.com/s/Jny5cTHqQh9yQx-cKQTWbA 谢谢原作者！ 1.OrthoFinder能做什么？ Ortho...
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2021-6-7 UBCG使用一、软件说明 引用此软件：Na, S. I., Kim, Y. O., Yoon, S. H., Ha, S. M., Baek, I. & Chun, J. (2018)....
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生信log14|生信自学不求人-靠谱学习资料总结和评价生信学习资料 自学生信不求人，现在网上资料越来越丰富，但是资料多也意味着鱼龙混杂，并且让人无从选择。正确做法应该是，找一个适合自己且完善靠谱的学习资料，从头到尾跟一遍，代码敲...
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【AMRA新种发表】Roseibium litorale sp. nov.鉴定及其两个近缘物种的重新归类
2021年1月12日，广东省科学院微生物研究所朱红惠课题组的刘阳博士在International Journal of Systematic and Evolutionary...
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6-【FasTtree、RAxML-NG、IQtree】的安装和使用（2021.3.16更新）初次记录时间：2021.2.5 3.12更新说明：ML建树对与模型的替代选择比较敏感，因此增加了第四部分推测最佳模型的方法：jModeltest和ProtTest。3.16更...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用极大似然法构建进化树
写在前面 我知道IQ-tree已经有很长一段时间了。不过我一直并没有使用它。主要原因是，常用的快速构建ML树的软件是FastTree，如果要求准确，我会在服务器上使用RaxM...
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安装OrthoFinder
安装OrthoFinder 各教程一致推荐通过conda进行安装 https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d https://www.jia...
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您好，我想用orthofinder得到的同源单拷贝去建树，这些单拷贝是应该直接比对、修建、再修改id归入各自物种，还是先把这些单拷贝归入各自物种后再进行比对建树，谢谢您的解答
「基因组学」使用OrthoFinder进行直系同源基因分析
谈论到直系同源基因分析的时候，大部分教程都是介绍OrthoMCL，这是2003年发表的一个工具，目前的引用次数已经达到了3000多，但这个软件似乎在2013年之后就不在更新，...
