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2022-01-20 文献-Nature阿尔兹海默症神经组织比较复杂，通常用单细胞核测序单细胞核测序的特征：1、每个样本细胞量基本<40002、每个细胞里的基因基本<1000甚至<500 单细胞结果描述 marker基因的展示...
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2022-01-21 细胞注释思路注释用的参考数据库 细胞类型鉴定 思路 代码在cell_marker_annotation.R 1、查看所有marker基因 0亚群很多是T细胞的marker，可以初步注释为...
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2022-01-21 课题设计和思路分享课题设计 思路1：单细胞数据作为起点，找出特征，去bulk数据库验证 思路2：bulk为起点，单细胞为终点 思路1和2对比 挖掘思路1 第一种思路可以用 ，然后用 提取上皮细...
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2022-01-20 文献-Cell-三阴性乳腺癌化疗耐药进化16年开始做，17年投稿，18年发表，在当时单细胞技术比较新 可视化研究思路很重要！ 一、WES结果 第一个角度：突变有无 化疗获益的患者外显子突变从右到无化疗耐药的患者外显...
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2022-01-17 CCA校正批次效应
批次效应强时，用CCA进行校正 先用PCA图查看不整合前的批次效应原理在每个批次中找到相同的一组表达差异低的基因，用这组基因在每个亚群中的差异代表整体基因的差异，按照这个差异...
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2022-01-17 cellmarker注释
细胞类型自动化注释 以下代码在sub_analysis_scRNA.R中计算特定两组细胞之间的差异基因，决定要不要把两个亚群合并 修改具体类别名字
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2022-01-17 单细胞数据库1GEO 直接发邮件要数据 2EBI 点download 可以参考相同研究的marker基因用来注释； 一般下载raw数据，不要标准化的数据 3胖老大宝数据库 protoca...
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2022-01-12 Seurat官网单个样本标准流程一、设置Seurat对象 使用的示例数据集来自10X Genome 测序的 PBMC。下载链接：https://s3-us-west-2.amazonaws.com/10x....
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2021-12-15任务二
教训：1、由于大小写不分，导致劈分字符串得到空集，浪费了很多时间！！！2、循环中忘记重置列表，导致列表重复！！！，浪费了很多时间！！！知识点：re.finditer的用法f=...
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2021-12-13 任务一
周六晚上复习了一遍python的语法，深入学习了一下正则表达式。周日上午写了3h，晚上3h，周一晚上3.5h，最后终于做得七七八八了一开始看题不太仔细，导致浪费了一些时间，下...
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2021-12-10 xty rosalind 1-10Problem1：给定一个DNA字符串s，计算符号“A”、“C”、“G”和“T”在s中的出现次数。 Problem2：将DNA转为RNA。(即用"U"替换"T") Probl...
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