@aquaculture_man 不好意思刚看到你的留言。我后来用的是DESeq2做差异分析。ballgown做完之后是不是也产生了差异基因列表呢？如果是，从这些基因着手分析？
转录组全记录：从rawdata到DEG功能富集写在前面：本文是新手学习全记录，仅供参考，欢迎交流！ 1. rawdata 1.1 QC 1.2 数据量统计 调用工具：iTools使用： 2. cleandata 2.1 ...
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统一回复，希望能帮到大家：query时2) Query parameters选择数据库latest就会出现detailed list和heatmap不对的情况，但是选择1.0就没问题！
广而告之！cMAP新版clue的使用——query
之前在Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）中提到了两种cmap在线分析网站，一个是build2 ；另一个是CLUE平台。bulid2在cMAP在线分析...
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同问 help！😅
cMAP新版clue的使用——Touchstone
之前在Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）中提到了两种cmap在线分析网站，一个是build2 ；另一个是CLUE平台。bulid2在cMAP在线分析...
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cMAP新版clue的使用——CELL APP
之前在Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）中提到了两种cmap在线分析网站，一个是build2 ；另一个是CLUE平台。bulid2在cMAP在线分析...
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cMAP新版clue的使用——Data Library
之前在Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）中提到了两种cmap在线分析网站，一个是build2 ；另一个是CLUE平台。bulid2在cMAP在线分析...
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我的也是这样 而且heatmap一栏并没有热图
cMAP新版clue的使用——query
之前在Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）中提到了两种cmap在线分析网站，一个是build2 ；另一个是CLUE平台。bulid2在cMAP在线分析...
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Connectivity Map(cMap)的探索应用（三）之前Connectivity Map(cMap)的探索应用（一）和Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）简单介绍了下分析平台，展示形式等内容。同时还介绍...
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Connectivity Map(cMap)的探索应用（二）
上篇Connectivity Map(cMap)的探索应用（一）中简单提及以下两种做法：一是提供了cMAP的在线分析网站：www.broad.mit.edu/cmap （需要...
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R科研绘图调色板—ggsci
ggsci是R中的一个包，提供了一系列颜色给ggplot2调色。里面包括了一些知名杂志期刊或者软件（甚至是知名科幻电影、动画等）的经典配色风格，对于科研绘图是相当有帮助的。下...
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利用ggpubr+ggplot2做barplot和boxplot图并显示显著性导读 以前总是借助PS来为新鲜出炉的R图添加统计显著标识，但是现在可以不用了，因为ggbubr可以一站式解决，而且画的图堪比SCI级别。话不多说，撸起袖子搞起来 工作流程 包...
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R语言入门5：数据变形-Tidyr1.Tidy data原则 当我们进行数据整理时，同样的数据，可以整理成不同的形式，在下面的例子中，我们可以把GeneId作为行，样品名称作为列，也可以颠倒过来，以样品名称为...
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你好感谢分享！请问identifyCommunicationPatterns这一步展示的通路条目太多如何筛选一下？最开始subsetCommunication之后的结果，pval大部分都是0如何解释？（我都是按照默认的代码）
CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析
CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析 自从周运来在简书写了一篇cellchat的中文介绍教程，然后R包作者也在B站做了直播介绍，cel...
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CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析 自从周运来在简书写了一篇cellchat的中文介绍教程，然后R包作者也在B站做了直播介绍，cel...
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CellChat 三部曲3：具有不同细胞类型成分的多个数据集的细胞通讯比较分析
CellChat 三部曲3：具有不同细胞类型成分的多个数据集的细胞通讯比较分析 加载所需的包[#load-the-required-libraries] 第一部分：比较分析具...
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厉害୧(๑•̀◡•́๑)૭
CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析
CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析 加载所需的包[#load-the-required-libraries] 创建目录以保存图...
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CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析 加载所需的包[#load-the-required-libraries] 创建目录以保存图...
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@Hayley笔记 嗯呐谢谢！仔细看了seurat的subset函数 已解决！
单细胞数据处理小细节汇总
1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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你好请问双细胞DoubletFinder预测之后怎样去除？应该是存储在metadata$DF.classifications里面，但是没想到怎样去除、或者过滤掉。。谢谢！
单细胞数据处理小细节汇总
1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
