基因组组装完成后,可通过查看contig的N50或者BUSCO,以及LAI评估组装质量。本文就LAI方法做一简单介绍。 基因组中的重复序列大体分为两类: 串联重复(Tande...
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基因组组装完成后,可通过查看contig的N50或者BUSCO,以及LAI评估组装质量。本文就LAI方法做一简单介绍。 基因组中的重复序列大体分为两类: 串联重复(Tande...
1. LTR鉴定和LAI评估(> 5G基因组) 1)需要同时利用LTR_Finder和LTR_harvest同时鉴定,但是这两个都是单线程,巨慢,尤其是LTR_Finder。...
1.划分窗口bedtools makewindows -g Chr.length -w 50000 > 50k.windows 2.计算每个滑窗内基因的数量 #同理可以...
写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因(Frasergen[http://www.frasergen.com/])暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.基因组组装指标评估 为什么...
BUSCO[https://busco.ezlab.org] - 组装质量评估软件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Or...
原创来自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw,本人稍作修改,原文是针对小鼠,现改为人类当得到差异基因后,很多时候...
微信收藏夹中的文献解读,只整理出今年2022年已收藏的部分文献,之前的太多,不列了。后续计划每周更一次,自己会看得更认真点,解读更详细些。 Nature Genetics |...
链接[https://tts.tmooc.cn/ttsPage/LINUX/NSDTN202012/SHELL/DAY05/COURSE/ppt.html] 一,sed其他指...