在单细胞数据分析中，在确定细胞类型后，除了可以进行差异表达基因分析外，还可以针对单个细胞类型进行分析特定分析，这时就需要我们提取细胞子集分开处理了。 一、Seurat数据格式...
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Seurat取子集时会用到的函数和方法 -
单细胞测序——髓系细胞注释marker主要根据文献中的描述与方法 髓系细胞分类 巨噬细胞，单核细胞，DC细胞 文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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单细胞marker整理
##20220423 ESCC_marker plasma： IGHG3、IGHG1、MZB1 JCHAIN B： CD79A、MS4A1、IGHM、CD19、CD79A、C...
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clustree ： 聚类可视化利器我们知道在研究问题时，分组是很重要的，有分组才有故事可讲。比如，两块田一块施肥一块不施肥，可以做比较嘛。在单细胞数据分析中用到较多的数据分组技术是聚类（clustering）...
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生成netMHCpan输入文件
不能直接输入vcf真的很烦啊，氨基酸序列fasta太长了还会直接Segmentation Fault 过滤获得PASS的vcf 我只用了gatk里的af-onl-gnomAD...
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使用bismark进行甲基化分析并使用IGV对结果进行可视化Bismark是进行甲基化分析过程中常用到的软件，可以将bisulfite处理后的测序reads比对到参考基因组上，得到参考基因组相应位置的甲基化水平。 我的甲基化数据为WG...
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Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（二）甲基化信息提取以及文件解读(IV)Bismark甲基化提取 Bismark附带一个补充的bismark_methylation_extractor脚本，它对Bismark结果文件进行操作，并对每个C进...
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Bismark Bisulfite Mapper学习笔记（一）数据预处理官方手册（2020 Sep更新）https://github.com/FelixKrueger/Bismark/tree/master/Docs[https://github...
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DNA甲基化数据分析全流程
2021-01-01 更新 简单记录一下平时的分析过程 和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序 后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、...
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我好像没有add channel就直接装上了😂
ascp下载安装报错处理
太长不看版：需要的话conda就完事了，但sra说是用ascp也不会快了改glibc gcc后患无穷，一定要提前备份，我半个月后yum install个nlopt-devel...
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bowtie2报错的处理办法因为繁重的学业，已经很久没有更新生信的内容了，十分惭愧。近日在本地电脑上运行bismark时，出现了奇奇怪怪的报错，虽然最后的解决办法是重装bowtie2，但还是记录一下错误...
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Bismark软件使用入门
作者：马可菠萝 童蒙编辑：angelica 一、甲基化文库建库原理 借助重亚硫酸盐（Bisulfite）转换的方法被认为是金标准，该化学试剂会将未甲基化的C进行转化，胞嘧啶（...
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CNVkit call CNV
最近在做CNV项目，整理一下用CNVkit call CNV的 pipeline 1.软件下载和安装 首先cnvkit是根据python写的，所以首先需要安装python。c...
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外显子WES数据检测CNV方法梳理与软件汇总总结（看的有限）： 1. 大部分方法为基于深度（划分区间检测）的方法（FPKM、区域碱基数的类似FPKM算法）。 2.大部分软件会使用对照样本作为reference作为基线，...
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EGA(European Genome-Phenome Archive)数据申请下载2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去，本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T，c4gh解码失败了一半有这些时间干点啥不好，裂...
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这个软件请用conda装真的💔
ascp下载安装报错处理
太长不看版：需要的话conda就完事了，但sra说是用ascp也不会快了改glibc gcc后患无穷，一定要提前备份，我半个月后yum install个nlopt-devel...
