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在R中进行整理，pmap格式在下面帖子中有详细介绍。第一列为SNP的ID，第二列为chr，第三列为SNP的位置，第四列开始为每个性状的SNP的P值。9.3 GWAS：关联分析...

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最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...

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之前给大家大致介绍了GWAS在临床生信分析中的概况，包括一些基本概念，原理和注意事项（出门左手边—>临床生物信息学中的GWAS分析），这次具体讲讲GWAS基本分析内容及结果解...

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不同于分类和回归，聚类不需要事先的任何参考分类信息，可以简单地通过判断数据特征的相似性来完成对数据的归类。 层次聚类不需要事先指定族的个数，以系统树的形式展现。 k均值聚类扁...

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不知道大家有没有印象，其实关于调整ggplot2图形背景，图例，XY轴范围及标签等的问题在我们往期公众号有推文介绍过，但是以前给大家介绍的是利用ggThemeAssist 包...

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1、GWAS 流程 image.png数据质控• 1）按分型百分比条件过滤，多数文章剔除缺失率在20%以上的位点，样本量较大的群体中，可以将缺失率小于50%的位点都保留；• ...

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EMMAX是关联分析速度提升的一个代表性算法, 已广泛应用于棉花、大豆和水稻等的复杂性状关联分析。EMMAX认为，每一个SNP对复杂性状的解释率都很低，每个组件的方差在运算中...

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这里介绍的SNP数据与单一表型的相关分析流程 一、准备plink文件 ped和map文件转换为bed、fam、bim mydata为ped和map的文件名，不需要加后缀mak...

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y一、认识文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存储何种数据 五种格式 ①ped（pedigree，家系）：包含样本的谱系信息和基因型信息，必须与f...

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此视频来自B站，是非常好和全的的一个GWAS操作的视频，从开始准备软件下载，数据过滤，到最后的候选基因注释。GWAS的实战视频https://www.bilibili.com...

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GAPIT (Genome Associated Prediction Integrated Tool),是一个R包，使用Gapit可以进行全基因组关联分析和基因组预测（选择...

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接触全基因组关联分析（GWAS）已经一年半有余，从刚开始对GWAS的全然无知到现在慢慢了解，越来越能体会到这项技术的了不起。同时，越来越多的科研工作者也在使用这项技术，然后就...

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作为三剑客之一的awk的功能不用多介绍了，文本处理能力不输Perl，尤其是在命令行快速使用。（当然Perl的单行命令也是很强的） 需求 我有一个表格1（转录因子数据库文件）t...

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MEGAN（Metagenome Analyzer）是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件，实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了...

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上个月中旬，出于对GWAS的好奇，我参加了一个培训班，之后又花了一周的时间来整理听课笔记，感觉现在对GWAS已经有了一个比较全面的认识。 在call SNP之后，做GWAS之...