文章转载自 微分基因公众号http://www.sohu.com/a/273345614_100126902 仅供个人学习之用。目前想学习泛基因组的知识，把所看到的的文献记录...
发简信
IP属地：湖北
-
泛基因组学习：第一天，了解泛基因组 -
R语言，地图散点图。交互地图散点图。R语言，可视化，地图，mapdeck包，mapview包，leaflet包，交互地图，地图可视化，地信，R语言gis，地图散点图，交互地图显示点，热图，地图热力图，地图信息点...
-
假设检验p-value，FDR，q-value
一、p-value相关 0. 单个假设检验中主要依靠p值(或统计量t)做出是否拒绝零假设H0的决定：p-value和预先设定的检验水准alpha做对比，如果p-value小于...
-
如何轻松构建物种系统发育树在常规的基因组分析中，当我们对某一物种的基因组进行从头组装与注释获得其的基本信息后，通常会想知道该物种与一些其他近源物种之间的进化关系，此时就需要构建不同物种之间的系统发育树...
-
多个单基因进化树整合成一个进化树通过单拷贝基因构建物种树，一般有两种方法： 1，Concatenation（串联法）：将比对完成的单个单拷贝基因依次串联成一个超级基因（super gene/matrix）构...
-
在linux中构建基因进化树
首先利用muscle进行多序列比对：“muscle -in 序列文件.fasta -out 输出的比对结果文件.fasta”。 再利用raxml进行进化树构建：“/pub/a...
-
OrthoFinder寻找同源基因并建树（2）上一步我们已经获得了我们用来构树的同源基因集，这里就用这些基因构建系统发育树。我们所需的单拷贝基因和对应的每个Orthogroups的具体信息在SingleCopyOrtho...
-
2019-05-21-多基因联合建树软件astral方法
description astral是基于java开发的根据一组无根的genetrees建立speciestree。 tutorial steps installation ...
