SqueezeMeta是一个全自动的宏基因组数据处理流程，涵盖了组装、分箱、物种注释、功能注释以及各个样品具有的物种和功能丰度信息还有后续可视化等等。以往这些你都需要单独写脚...
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SqueezeMeta使用教程 -
宏基因组分析流程（Metagenomic workflow）202405｜持续更新Logs 增加R包pctax内的一些帮助上游分析的小脚本（2024.03.03） 增加Mmseqs2用于去冗余，基因聚类的速度非常快，且随序列量线性增长（2024.03.12...
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绘制堆叠柱形图（ggplot 2）使用群落微生物物种丰度表数据
群落微生物物种丰度表-绘制堆叠柱形图（ggplot 2） 今天我们先来讲一下如何利用细菌群落的高通量测序数据来绘制堆叠柱形图来展示不同样品中优势菌的相对多度。 话不多说，直接...
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基于R语言的微生物群落组成多样性分析——物种丰度计算及可视化引言 在对样本的微生物群落组成多样性分析过程中，除了Alpha多样性与Beta多样性的分析，最重要的一个部分就是对样本中微生物具体的群落结构组成情况进行分析。一般我们...
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宏病毒组（五）|病毒基因组系统发育树我们通过宏病毒组测序，分析鉴定到病毒的种类及丰度后，通常会进一步去研究样品中鉴定到的病毒之间的相关性和互作情况、病毒的进化地位等，以便能更好地了解其生物学特性，提升对检测到的...
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进化树-itol上色美化
进化树或者系统发育树在微生物及群体结构分析中是很常见的分析条目。进化树构建有很多方法，结果也大体相似，但是最终呈现的形式确是多种多样的，今天给大家介绍使用itol进行进化树的...
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iTOL进化树调图细节记录iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结[https://www.jianshu.com/p/20af7e003d19]。最近重用，调图时又发现了...
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单细胞分析入门——一套经典的Seurat分析流程前几天看到周运来老师的一句话，放在这儿，与诸君共勉： 看到才能想到，想到才能做到，做到才能得到，得到才能失去，只有失去了才知道适不适合自己 好了，切入正题，今天想给大家分享的...
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我眼中的barcodes.tsv.gz/features.tsv.gz/matrix.mtx.gz前段时间一直在用cellranger count进行单细胞测序数据的处理，不得不说Cell Ranger作为10X Genomics官方的单细胞数据处理工具，功能还是很强大的...
