这说明,你的NMDS不具代表性,你可以换一种方法,比如PCA,PCoA。此外,可以结合anosim来分析组间差异
非度量多维尺度(NMDS)分析及R绘图先上图 注:填充颜色由AI处理。 (样本和分组文件如下)(这里只是展示数据形式并不是原数据(分组名与代码中不一样)) vegan分析数据 行名样本,列名物种,内容丰度。 绘图...
这说明,你的NMDS不具代表性,你可以换一种方法,比如PCA,PCoA。此外,可以结合anosim来分析组间差异
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上图 数据形式如下:
@7a1ff93ad00b 你对应你的分组名称修改一下,颜色按照哪个组区分,形状按照哪个组区分
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对于包含数字和字母的字符串向量,sort()和order()等函数可能出现十位数和个位数排序错误的问题。 这对于绘图X轴的顺序非常重要。例如: 实战 最终数据形式 绘图
@Bluebagae 没区别,只要你的otu表格行名(样本名)和group行名一样就可以了
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报错 方法,重新安装conda 1、卸载 2、安装conda 3、升级conda(若没有升级则再试一遍) 最后安装软件成功!!
首先准备数据和分组文件 形式如下: 输出文件如下 其他相关代码(对各个位置不同深度或各深度不同位置进行LSD) 输出文件如下
写错了应该是
sample
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先上图 (由于R识别不了“—”,自动换为".") *****代码*****
先上图 npgene.csv 理化end.CSV同上
具体的找不到了,我发了个类似的哈哈哈哈
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嗯嗯 谢谢大佬解答
宏基因组分箱(五)Metawrap计算Bin丰度导读 用Metabat2分箱的方法见:宏基因组分箱(二)Metabat2分箱实战[https://www.jianshu.com/p/72a60906d9a7]。本篇将展示用...
导读 用Metabat2分箱的方法见:宏基因组分箱(二)Metabat2分箱实战[https://www.jianshu.com/p/72a60906d9a7]。本篇将展示用...
@恰童学少年 谢谢,宏基因组基因丰度和转录组的基因表达值计算方法差不多吗?(我看很多软件都是计算转录组基因的)
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这个可以用来计算预测基因的丰度吗?一般基因的丰度怎样计算的呀?跪求
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