虽然是做生物信息的，但是经常被一些基础性概念所困扰……而我又是一个强迫症，于是把这些乱七八糟的东西整理了一下，强行写了一篇小文章。东西太杂，但是彼此相关，实在想不到什么合适的...
发简信
IP属地：云南
-
DNA链方向上的小疑惑
-
您好，请问您运行第三步unmapped2anchors.py（1和2版本我都做了）会报这样的错吗？ IndexError: list index out of range或者是NameError: global name 'numpy' is not defined吗
circRNA鉴定工具之find_circ
1. find_circ鉴定circRNA的原理 find_circ 的基本原理: find_circ根据Bowtie2比对结果，从没有比对到参考序列的 reads 的两端各...
-
单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
-
老师，您好，请问教程后半部分”3D基因表达量图“的目的是什么？如果想确定亚群还是用findallmarker函数吗？
单细胞转录组数据分析||Seurat绘制3D-tsne与3D-umap
有时候在二维空间中有的亚群是有部分重叠的，就是降维投影结果不是很精确，这时候可以用3D的图来展示。 要绘制3D图就要有3D的坐标： tsne与umap类似，这里不再展示。 3...
-
Seurat的打分函数AddMouduleScore在读张泽民老师发表的新冠文献的时候看到计算免疫细胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函数...
-
在浏览器中搜索函数名，找的与之对应的R Documentation，在页面上会有“package name(version 0.1-12)”
R知道了函数如何查看其来自哪个包
help(函数名)或者？函数名比如我想知道unite这个函数来自于哪个包，则直接?unite在unite这个函数介绍的页面中会看到unite {tidyr}那么unite就是...
-
请问做本地LD处理遇到过这样的报错吗（本地文件已经下载，只取了两列）？
报错信息
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
cannot open file 'C:\Users\HP\AppData\Local\Temp\Rtmp44Ys45\file3b20760378a.clumped': No such file or directoryTwoSampleMR 遇到的坑
第一次尝试医学统计常用的MR，我选择了比较多用的R包，TwoSampleMR, 这个包还有一个webApp -- MRbase.所有流程基本和网上可以搜到的一样，这里推荐这个...
-
国内可以做，我做过，猜测可能是网不好
TwoSampleMR 遇到的坑
第一次尝试医学统计常用的MR，我选择了比较多用的R包，TwoSampleMR, 这个包还有一个webApp -- MRbase.所有流程基本和网上可以搜到的一样，这里推荐这个...
-
@又是一只小菜鸟 中国男性非梗阻性无精子症的全转录组关联研究
TWAS（fusion）
最近在看遗传数据与表达结合的东西，介绍一个经典的方法吧，fusion。 Gusev et al. “Integrative approaches for large-scal...
-
单细胞交响乐31-实战十四 10X HCA计划的38万骨髓细胞刘小泽写于2020.7.22为何取名叫“交响乐”？因为单细胞分析就像一个大乐团，需要各个流程的协同配合单细胞交响乐1-常用的数据结构SingleCellExperiment单...
-
Sci-Hub谷歌浏览器插件 -- Chrome插件
介绍 由于原始Sci-Hub网站只支持文章全部标题和DOI号来进行检索，而不支持关键词或作者等来进行检索 因此通常我们需要先用Pub-Med、Google scholar或其...
-
【思考】学习生信是一段孤独的旅程
ps：更新于2019/4/27 境由心造：意识思维的局限而已 这篇文章只是一时的吐槽而已，真实情况是一起的学习的小伙伴病了好久，没人学习交流，一时兴起。本人一直很阳光积极向上...
-
试试cp936（对我而言，这个也是只针对一部分有用）
解决Windows下打开Rstudio 中文注释乱码的情况
首先知道两个概念：GBK编码方式和UTF-8编码方式 UTF-8（8-bit Unicode Transformation Format）是一种针对Unicode的可变长度字...
-
请问一组癌症组中有两种组织来源的样本，是该分为两组还是一组（处理条件一致）
关于GSE62113上分组问题
本人为生信技能树学徒,GEO数据库一直都是值得挖掘的地方.最近在复现JM老师要求的一篇关于研究NSCLC(非小细胞肺癌)的DEGs(差异表达基因)的文章.使用的Dat...