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@黄甫一 对应report中得到final clonetype count时用到的reads数目，看一下analysis部分的report就好。

免疫组库分析软件MiXCR的安装和使用

安装 conda安装 普通安装 在Mac OS X上使用Homebrew或者在Linux系统上使用linuxbrew安装 将已经安装的MiXCR更新到最新版本 手动安装 在r...

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Note: If you have downloaded the stand alone version of the tool before Maj 1, 2020, please download the data file again from data.tar.gz. The earlier file was missing a few pre-calculated files to estimate percentile rank values.
根据网站的注释，2020以前的版本缺少一些预计算的文件，需要到https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?NetMHCIIpan-4.0下载

肿瘤新生抗原预测软件和参数选择

癌症疫苗靶向肿瘤细胞的抗原可以大致分为两类：肿瘤相关性抗原（tumor-associatied self-antigen）以及肿瘤特异性抗原（tumor-specific a...

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一般生存分析会选择生存时间大于30天的数据

KM生存分析如何取最佳的cutoff

KM生存分析 如何取最佳cutoff KM生存分析中通常取中位值作为cutoff，但也并不一定是这样 必要时可以选择最佳的cutoff值，如何实现？ ### survival...

医科研

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挺早以前翻译的了，等时间充裕的时候把其他的补上。

Bioinformatics Data Skills

第十章 使用序列数据 生物信息学的核心问题之一是处理大量的（通常定义糟糕或模糊）文件格式。久而久之，一些特定的简单的人类可读的格式成为了事实上的标准。彼得·科克等, 2010...

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美国FDA目前批准了3个检测肿瘤TMB（ tumor mutation burden）的方法：Omisc Core WES、MSK-IMPACT、FMI。如果按实验流程及操作...

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10.1 背景介绍 现在考虑一个双色微阵列实验，其中所有的阵列都使用了通用参照。如果在整个实验中将相同的通道作为通用参照，则可以对表达值的log-ratios进行精确分析，就...

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9.1 背景介绍 与早期的微阵列不同，大多数数据现在都是单通道类型。单通道数据来自流行的微阵列技术，如Affymetrix，Illumina或Agilent。RNA-Seq的...

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8.1 背景介绍 limma软件包使用称为线性模型的方法来分析设计的微阵列实验。这种方法允许分析非常一般的实验，就像分析简单的重复实验一样容易。这种方法在[42, 55]中进...

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我们通常建议将微阵列平台上的所有探针进行标准化处理。 对于下游分析，通常需要删除那些看起来在任何实验条件下都不表达的探针。这被称为过滤。我们一般建议在线性建模和经验贝叶斯步骤...

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3.1 R语言简介 R是一种统计计算程序。它是一种命令驱动语言，也就是说，你必须在其中键入命令，而不是使用鼠标指向并单击。本指南假设你已经从http://www.r-proj...

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2.1 引用limma Limma执行了作者和合作伙伴的一系列方法论研究。在出版物中使用limma软件的结果时，请尝试引用适当的参考文献，因为引用是作者获得专业信誉的主要手段...

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limma：微阵列和RNA-Seq数据的线性模型用户手册 Gordon K. Smyth, Matthew Ritchie, Natalie Thorne, James We...