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基因家族聚类之OrthoFinder刘小泽写于19.2.11 这是干啥的？ 做进化、基因家族分析、比较基因组使用 OrthoFinder is simple to use and all you need to...
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比较基因组分析—OrthoVenn和OrthoFinder的使用OrthoVenn2 OrthoVenn2是一个网页版的基因家族聚类工具，它基于OrthoMCL。选择要分析的物种，也可上传蛋白序列 分析结果 OrthoFinder 将多个...
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入门必看 | 深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs）提起 LTR，相信很多人和我之前一样都是熟悉又陌生的感觉，听过或者接触过却未深入了解过。若您对 LTR 分析有兴趣，却苦于无从下手时，愿本文作为一个叩门砖，为您敲开 LTR ...
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用hifiasm组装基因组
hifiasm大概是目前为止支持PacBio HiFi数据组装的所有软件中表现最优异的软件了。它不但能输出primary assembly result，还能分别组装出单倍体...
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用k-mer分析进行基因组调查：（二）用jellyfish进行k-mer频数统计
(全文约1520字) 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+Genome...
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拼接结果纠错（二代数据、三代数据）
对拼接结果进行纠错，或者称为抛光。既可以使用二代测序数据，也可以使用三代数据。 pilon pilon 是一款基于二代测序数据进行纠错的软件，比较消耗计算资源。要求输入为比对...
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Juicer:Hi-C数据处理分析（一）参考： [1]. Durand, N.C., et al., Juicer Provides a One-Click System for Analyzing Loop...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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hifiasm对HiFi PacBio进行组装hifiasm是一个能有效利用PacBio HiFi测序技术，在分型组装图(pahsed assembly gprah)中可靠的表示单倍体信息的算法。 流程介绍 hifias...
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聚焦「 数据科学 | 深度学习 | 生命科学 | Python | 机器学习 」等前沿交叉学科，定期分享理论教程与应用实践等。
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基因组组装: 3D-DNA 染色体挂载
导读 本文将介绍基因组组装过程中，如何利用HiC测序数据，进行染色体级别基因组的组装。该过程主要利用 Juicer[https://github.com/aidenlab/j...
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【基因组组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错？1.常用HiC挂载软件 ALLHiC张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发。如果是复杂基因组，肯定是首选。对于简单基因组，我跑了下，结果不佳。提了issue，张老师...
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De novo组装#02 | 基因组survey (jellyfish+GenomeScope2)基因组Survey 是对基因组的大小、杂合情况进行评估。我们de novo组装一个物种的基因组之前，一般要对所测物种基因组大小有一个估计，以便后续测三代数据的时候，确定大概需...
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泛基因组学习：第一天，了解泛基因组文章转载自 微分基因公众号http://www.sohu.com/a/273345614_100126902 仅供个人学习之用。目前想学习泛基因组的知识，把所看到的的文献记录...
