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IQ-TREE的使用 - 超快速用极大似然法构建进化树
写在前面 我知道IQ-tree已经有很长一段时间了。不过我一直并没有使用它。主要原因是，常用的快速构建ML树的软件是FastTree，如果要求准确，我会在服务器上使用RaxM...
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在线和本地两种方法构建 RAxML 进化树方法和解读1：在线构建RAxML树 1. CIPRES网站： CIPRES Science Gateway V3.3[http://www.phylo.org/index.php/po...
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Knock in 随实验进程增添内容Knock in 后期要用到KI技术，现在先敲入一个荧光练手 目标 细胞：HEK293细胞 基因：GAPDH基因 改为ActB（原因见下） 选择标记：mNeonGreen（原...
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【R语言】dplyr对数据分组取各组前几行前面我们介绍过GO富集分析和结果可视化 1.GO和KEGG富集分析视频讲解[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin...
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基因组注释文件（二）| gff 和 gtf文件格式说明
简介 GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件，提取需要的信息进行注释。 一、GFF GFF(General...
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本地blast使用技巧之repeat mask
Introduction blast是目前使用最为广泛、接受度最高的一个序列比对软件。尤其适用于寻找两条序列之间最为相似的片段，以及对大型核酸或氨基酸序列数据库的检索。我们在...
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MUMMER 两个基因组间比较MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...
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SAMtools——bam文件合并
当存在多个样本的bam文件时，可以通过SAMtools的merge命令实现。 官方说明书：http://www.htslib.org/doc/samtools-merge.h...
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R二维坐标轴绘图-轴和刻度BTW，开始尝试用Markdown。 下面的例子实现之前，需要在R中首先输入一些数据。本例采用最简单的散点数据，输入如下代码后，得到散点的x与y坐标值。 x <- c(0,1...
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IGV-GSAman | 多少人梦寐以求的tools?写在前面 Emmm，估摸着也有一个来星期没更新。TBtools？也没怎么更新。总的来说，就一个情况：太忙，没时间。但是想来想去，国庆长假还是要做一点平时想做，却又没时间做的事...
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【必学Bioconductor包300个】GenomicRanges导航：A. 简介B. 操作An Introduction to the GenomicRanges PackageC. 常见问题Biostars A. 简介 The Geno...
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跟着官方文档来看看GRanges这个对象刘小泽写于2020.8.5今天跟着官方文档来看看GRanges这个对象 1 前言 内容来自：https://bioconductor.org/packages/release...
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转录因子详细介绍(motif)TF: transcription factor转录因子TFBS: transcription factor binding site转录因子结合位点TFBS是序列内的loc...
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TFBSTools 鉴定转录因子结合位点
Transcription Factor Binding Sites (TFBSs), 为一R包，可用于鉴定转录因子结合位点。具体可查看说明 安装所需包 所需数据 位置权重文...
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CRISPR-Cas9基因编辑3--sgRNA-Cas9质粒构建简介和前期文章 我对之前的所有教程进行了再次详细的总结CRISPR-Cas9基因编辑之背景介绍及gRNA设计（上）[https://www.jianshu.com/p/e5c...
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聊聊“基因组共线性”最近看了几篇关于共线性分析的微信/简书推送，发现不少研究人员把“编码基因共线性”错误地描述为“全基因组共线性”。这是两个完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
