写在前面要让从基因组中获取信息变得像喝水那样简单。 --by zhougengxu 预先准备 我以水稻基因组为例，像大家介绍如何提取序列。 基因组文件：水稻基因组，水稻...
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【基因组学】从基因组中提取基因序列，一段序列及相应的注释文件
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如何对某参考基因组的各条染色体生成相同的bin区间，以bed格式储存结果
有个师弟说他想要将对某参考基因组的各条染色体生成相同的bin区间，以bed格式储存结果。 希望根据参考序列进行操作，输出的结果为以fasta格式储存结果： （Bed格式是一种...
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RagTag基于参考基因组的组装和GeMoMa注释RagTag安装及使用 说明书：https://www.jianshu.com/p/c18f7cac43c6[https://www.jianshu.com/p/c18f7c...
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使用RaGOO进行基因组辅助组装将染色体从contig/scaffold水平提升到chromosome水平是组装的最终目标。我们通常使用遗传图谱，光学图谱，HiC这些技术提供的信息将contig进行排序连接...
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后面继续学习 动态规划与图论
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生信中遇到的坑
1.删除软链接时把原文件也删除了 2.samtools 合并bam 文件 samtools merge 合并排序后的bam 文件samtools cat 合并bam 文件 ...
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linux软件安装的三种方式（Linux安装软件的通用套路）
1、rpm 本地安装软件 获取安装的rpm软件包 1、联网情况下使用 wget 命令 获取 rpm软件包 2、使用U盘上传软件包 安装rpm软件包 格式：rpm [选项]...
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Augustus安装教程
Augustus是一个使用频率很高的程序，但是安装却麻烦的一批，而且说明书对新手也很不友好； 网上倒是有很多安装的解答，可能是每个机子的情况不太一样，没有一个讲的比较全面的，...
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使用MAKER进行基因注释(基础入门）
在基因组注释上，MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列，将EST和蛋白序列比对到基因组，进行从头预测，并在最后整合这三个结果保证结果的可靠性。此外，MAKER还...
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maker安装
在该页面登记后会弹出下载链接：http://weatherby.genetics.utah.edu/cgi-bin/registration/maker_license.cg...
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Perl 命令行实战1 - fasta文件的相关操作
Perl 命令行实战1 - fasta文件的相关操作 注：本文会不断更新...... 之前的5篇简书小文已经说明了常用的参数的使用方法，学习了当然要致用啊！这里我们就来操作一...
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基因组结构注释1. 组装基因组质控 得到组装好的基因组序列之后，首先要使用多种方法评估组装质量。这里用到2款可用于基因组组装质量评估的软件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
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基因结构注释基因结构注释的方法包括： 从头预测根据基因结构的特征，基于算法（大多为隐马尔可夫模型）进行预测 蛋白注释根据物种自身（或近源物种）的蛋白序列，进行注释 EST 注释根据物种自...
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Augustus 基因从头预测
目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论，通过已有物种的注释信息对软件进行训练，从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构，在这方面做的最好的工具是AU...
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【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑1.conda安装 conda安装虽然简单，但还是有很多坑，而且很多都是隐形的坑。 repeatmodeler依赖于repeatmasker，因此其实你只要安装repeatm...
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三角褐脂藻基因组重复序列注释方法
三角褐脂藻的基因组则是经典株CCAP 1055最常用的版本 ASM15095v2[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/418?genome...
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小江同学
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基因组注释--重复序列注释（三）：RepeatModeler安装与使用
目录 RepeatModeler 是从头预测transposable element (TE)的软件，它的核心是结合了三大预测软件（RECON, RepeatScout an...
